核心结论：民事案件判决已生效超过三年，原则上已超过申请再审的法定期限，但存在例外情形可尝试申请再审或通过其他途径寻求救济。以下分情况说明：

1. 一般情形：超过申请再审期限，法院不予受理

根据《民事诉讼法》第212条，当事人申请再审的期限为判决、裁定发生法律效力后六个月内。若判决生效已超过三年，且不存在法定例外情形，法院将直接裁定不予受理再审申请。此时，当事人无法通过再审程序推翻原判决。

2. 例外情形：符合法定条件仍可申请再审

若存在以下情形之一，即使超过六个月期限，当事人仍可在知道或应当知道该情形之日起六个月内申请再审：

• 新证据：发现新的证据，足以推翻原判决、裁定，且该证据因客观原因无法在原诉讼中提供；
• 主要证据伪造：原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；
• 据以作出判决的法律文书被撤销：原判决、裁定依据的另一生效法律文书被撤销或变更；
• 审判人员贪污受贿、徇私舞弊：审判人员在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为。

操作建议：

• 收集并固定证据（如新证据、伪造证据的鉴定意见、法律文书撤销的证明等）；
• 撰写再审申请书，明确说明符合例外情形的具体事实及法律依据；
• 向原审法院或上一级法院提交申请，并附相关证据材料。

3. 其他救济途径：若再审申请被驳回或无法启动

若再审申请因期限问题被驳回，或不符合例外情形，可考虑以下途径：

• 申请检察院抗诉或检察建议：根据《民事诉讼法》第219条，当事人可向检察院申请检察监督，由检察院审查后决定是否提出抗诉或检察建议；
• 信访或申诉：通过向法院或上级机关信访反映问题（但需注意，信访不直接启动再审程序，仅作为监督渠道）；
• 另行起诉或申请执行异议：若原判决涉及财产执行，可针对执行行为提出异议或申请参与分配等。

4. 关键风险提示

• 时效严格：例外情形的再审申请仍受“知道或应当知道之日起六个月”限制，逾期将丧失权利；
• 证据要求高：需提供充分证据证明原判决存在法定错误，否则再审申请难以成立；
• 程序复杂：再审程序启动难度较大，建议提前咨询专业律师评估可行性。

总结：判决生效超过三年后申请再审，需严格审查是否符合法定例外情形。若符合，应尽快准备材料申请；若不符合，可转向检察院监督或其他救济途径。具体操作需结合案件细节，建议携带判决书及相关证据材料进一步咨询。