结论前置：员工在休年假期间，通常应当享有全勤奖，这是基于法律规定和公平合理原则的共同体现。但如果公司规章制度有特别规定，且该规定不违反法律法规，则按公司规定执行。以下是对这一问题的详细分析：
一、年假的法定性与全勤奖的关联
年假的法定性：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的考核标准：
- 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
- 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。
二、公司规章制度对全勤奖的影响
公司规章制度明确规定的情况：
- 若公司规章制度中明确指出，年休假不影响全勤奖的评定，即年休假、调休等法定可休假期不视为缺勤，那么员工在依法休年假且满足其他全勤条件时，应获得全勤奖。
- 反之，如果公司规章制度将年休假纳入缺勤计算范围，并规定请假（包括年假）就不能获得全勤奖，那么在这种情况下，员工请年假后将无法获得全勤奖。但需注意，这样的规定不能违反法律法规关于年休假的基本权益保障。
公司没有明确规定的情况：
- 在没有明确规章制度限制的情况下，从法律公平合理的角度出发，年休假是员工依法享有的休息权利，与因个人过错导致的缺勤有本质区别。因此，员工休年假不应影响全勤奖的获取。
三、实践中的操作与建议
大多数用人单位的做法：
- 在实践中，大多数用人单位会遵循法律规定，确保员工在休年假期间享受正常的工资收入和福利待遇，包括全勤奖。
员工应如何维护自己的权益：
- 如果员工发现公司在全勤奖评定上侵犯了自己的合法权益，首先应与公司进行友好协商沟通，说明情况并寻求解决。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、具体案例与法律分析
- 假设某公司规章制度中明确规定，年休假不影响全勤奖的评定。那么，员工在依法休年假且满足其他全勤条件时，应获得全勤奖。
- 反之，如果公司规章制度规定请假（包括年假）就不能获得全勤奖，且这一规定已经明确告知劳动者，同时不违反法律法规的强制性规定，那么员工请年假后将无法获得全勤奖。但这种情况较为少见，且可能引发劳动争议。
总结与建议：
员工在休年假期间通常应享有全勤奖，这是基于法律规定和公平合理原则的共同保障。同时，公司规章制度的制定也应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。如果员工在全勤奖评定上遇到问题，建议首先与公司进行协商沟通；若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。