结论：军工单位的保密要求并不凌驾于劳动法之上，两者在法律适用上是并行不悖的，需根据具体情况来平衡和适用。

分析说明：

1. 保密法与劳动法的法律地位：

   • 保密法：主要关注的是国家秘密的保护，防止国家秘密泄露给国家安全和利益带来损害。它规定了保密义务、保密措施以及违反保密义务的法律责任。
   • 劳动法：则是调整劳动关系以及与劳动关系密切联系的社会关系的法律规范总称。它保护劳动者的合法权益，规定劳动者的权利与义务，以及用人单位的责任。

2. 军工单位的特殊性：

   • 军工单位由于其涉及国家安全和军事秘密的特殊性，确实需要遵守更为严格的保密规定。但这并不意味着保密法可以完全替代或凌驾于劳动法之上。
   • 在军工单位中，劳动者同样享有劳动法规定的各项权利，如获得劳动报酬、休息休假、社会保险等。同时，他们也需要遵守单位的保密规定，但这并不免除用人单位遵守劳动法的义务。

3. 法律适用的平衡：

   • 当军工单位的保密要求与劳动法规定产生冲突时，不能简单地认为保密法大于劳动法。而是需要根据具体情况，如保密要求的合理性、劳动法的具体规定、劳动者的权益保护等，来平衡和适用两者。
   • 例如，如果军工单位要求劳动者在非工作时间也承担保密义务，且这种要求超出了合理范围，那么这种要求可能因违反劳动法中关于劳动者休息休假的规定而无效。

4. 实际案例与法律实践：

   • 在实际法律实践中，法院或仲裁机构在处理军工单位与劳动者之间的纠纷时，会综合考虑保密法和劳动法的相关规定，以及案件的具体情况，来作出公正的裁决。
   • 军工单位不能仅凭其特殊性就忽视或违反劳动法的规定，否则可能面临法律责任和声誉损失。

建议与行动：

• 对于军工单位来说，应当制定合理的保密制度，明确保密义务和范围，同时遵守劳动法的各项规定，保障劳动者的合法权益。
• 对于劳动者来说，如果认为军工单位的保密要求违反了劳动法的规定，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议双方寻求专业法律帮助，以确保纠纷的公正、合理解决。

总结：军工单位的保密要求并不具有凌驾于劳动法之上的法律地位。在处理两者之间的关系时，需要综合考虑保密法和劳动法的相关规定以及案件的具体情况，以实现法律适用的平衡和公正。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。