结论前置：租房合同丢失，房东以此为由扣50%的款项，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，若合同中无相关约定，房东无权单方面扣除50%款项。以下从不同角度进行分析：
一、合同丢失的法律后果
合同丢失不影响合同效力：
- 租房合同是双方意思表示一致的产物，一旦签订即具有法律效力。合同丢失并不意味着合同失效或不存在，双方仍应按照合同约定履行各自义务。
合同丢失后的举证责任：
- 若合同丢失，承租人可能面临举证困难，无法直接证明合同内容。但承租人可以通过其他方式证明租赁关系的存在，如租金支付记录、与房东的沟通记录等。
二、房东扣除款项的合法性分析
合同中有约定：
- 如果租房合同中明确约定了合同丢失时房东有权扣除一定比例的款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么房东的行为可能是合法的。但扣除50%的比例是否合理，还需根据合同具体内容、租赁期限、租金金额等因素综合判断。
合同中无约定：
- 如果租房合同中没有约定合同丢失时房东有权扣除款项，那么房东无权单方面扣除承租人的款项。房东的行为可能构成违约或侵权，承租人有权要求房东返还被扣除的款项，并可能要求房东承担违约责任或赔偿责任。
三、承租人的应对措施
与房东协商：
- 承租人可以首先尝试与房东协商，说明合同丢失的情况，并请求房东不要扣除款项或减少扣除比例。在协商过程中，承租人可以提供其他证据证明租赁关系的存在和履行情况。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，承租人可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况为承租人提供法律建议，并帮助承租人通过法律途径维护自己的合法权益。
提起诉讼或申请仲裁：
- 在必要时，承租人可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求房东返还被扣除的款项并承担相应责任。在诉讼或仲裁过程中，承租人需要提供充分的证据证明自己的主张。
四、法律建议
保留证据：
- 承租人在租赁期间应妥善保管租房合同及相关证据，如租金支付记录、与房东的沟通记录等。这些证据在合同丢失时可能成为证明租赁关系存在和履行情况的关键。
明确合同条款：
- 在签订租房合同时，双方应明确约定合同丢失时的处理方式和责任承担。这有助于避免未来可能出现的纠纷和争议。
及时沟通：
- 在合同丢失后，承租人应及时与房东沟通并说明情况。通过积极沟通，双方可能能够达成共识并找到合理的解决方案。
最后，若您遇到租房合同丢失且房东要求扣除款项的情况，请保持冷静并按照上述建议采取措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。