行政机关对主动披露已过追诉时效违法行为的处理方式需分情况讨论，核心结论如下：
若违法行为确已超过法定追诉时效
根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的为五年），行政机关不再给予行政处罚。此时行政机关的处理流程为：
- 核实时效：通过调查取证确认违法行为发生时间、发现时间及追诉时效起算点（通常为违法行为终了之日）；
- 终止调查：若确认超过时效，应依法作出《终止调查决定书》，并告知披露人不再追究行政责任；
- 教育警示：虽不处罚，但可对披露人进行法制教育，要求其签署《承诺书》避免再次违法。
例外情形：若违法行为存在连续或继续状态（如长期无证经营），追诉时效从行为终了之日起计算，需重新核实时效。
若主动披露行为涉及其他法律责任
- 民事责任：行政机关可依据《民法典》第一百八十六条，建议披露人通过民事途径解决与受害方的纠纷（如赔偿损失）；
- 刑事责任：若违法行为涉嫌犯罪（如环境污染、食品安全等），行政机关应按《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》将案件移送公安机关，但刑事追诉时效仍需独立判断（《刑法》第八十七条至第八十九条）；
- 信用惩戒：部分领域（如市场监管、税务）可能将违法行为记录至信用信息系统，即使不处罚也可能影响披露人信用评级。
行政机关的主动义务
- 保密义务：对披露人提供的违法信息，行政机关需按《政府信息公开条例》第十五条保密，不得擅自公开；
- 奖励机制：若披露行为符合《行政处罚法》第五十二条规定的“举报重大违法行为”情形，行政机关可给予物质奖励（具体标准由地方性法规确定）；
- 程序告知：需向披露人书面说明处理结果及依据，避免因程序瑕疵引发行政复议或诉讼。
实务建议：若您或他人计划主动披露此类行为，建议提前整理违法行为的时间线、证据材料（如合同、交易记录等），并咨询律师协助核实时效及法律风险。行政机关处理过程中，您有权要求其出具书面处理决定，并可针对决定申请行政复议或提起行政诉讼。