若主动投案时案件已过追诉时效，司法机关将不再追究刑事责任，但可能根据具体情况作出其他处理。具体分析如下：

1. 追诉时效的法律意义
   根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，追诉时效是法律规定的对犯罪人进行刑事追诉的有效期限。超过该期限的，除非存在最高人民检察院核准的特殊情形（如必须追诉的重大案件），否则司法机关不得启动追诉程序。主动投案行为本身无法改变追诉时效已届满的法律状态，但可能影响案件的后续处理方式。

2. 主动投案的效力与追诉时效的关系

   • 若投案时追诉时效已届满：司法机关会直接依据《刑事诉讼法》第十六条终止审理，并作出不予立案或撤销案件的决定。此时，投案行为虽无法触发刑事追诉，但可能被认定为自首情节（如投案时未超过时效，但后续因证据问题或时效计算争议导致终止追诉），在量刑或行政处罚中作为从轻情节参考。
     
   • 若投案时追诉时效未届满，但后续因其他原因（如补充侦查后发现时效届满）终止追诉：投案行为仍可能被记录在案，作为个人认罪态度的证明，但刑事责任已被时效制度阻断。

3. 特殊情形下的处理

   • 行政处罚的可能性：若犯罪行为同时违反行政法规（如治安管理处罚法），即使刑事追诉时效届满，行政机关仍可能依据《行政处罚法》第三十六条（违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，法律另有规定的除外）追究行政责任。但需注意，行政处罚的追责时效通常短于刑事追诉时效，且需独立计算。
     
   • 民事赔偿义务：刑事责任的免除不影响民事赔偿责任的承担。被害人仍可通过民事诉讼要求赔偿，投案行为可能作为被告认罪态度的证据，影响赔偿金额的认定。

4. 实务建议

   • 时效计算争议：若对追诉时效的起算点（如犯罪成立时间、连续犯罪的终止时间）存在争议，建议委托律师通过刑事申诉或检察监督程序主张权利。
     
   • 投案策略：在投案前，应全面评估案件事实、证据及追诉时效状态，避免因投案后发现时效届满导致被动。若已投案，可主动向司法机关提交时效抗辩意见，并配合说明案件细节以争取从宽处理（如行政处罚或民事调解中的优惠）。

总结：主动投案与追诉时效是两个独立的法律评价维度，时效届满将直接阻断刑事追诉，但投案行为可能在行政、民事领域产生间接影响。具体案件需结合时效计算、行为性质及证据情况综合判断，建议及时咨询专业律师以制定应对方案。