结论概述：
您目前面临的情况是，拥有准建证但未办理不动产权证，且邻居占地建房并将您起诉为违章建筑。这一情况可能对您产生多方面的影响，具体取决于多个因素，包括您建房的合法性、邻居起诉的依据以及当地相关法律法规的执行力度等。以下我将从多个角度为您详细分析。
一、建房合法性分析
准建证的作用：
- 准建证是规划部门或相关政府部门批准您建房的证明文件，它表明您的建房行为在规划层面是得到认可的。然而，准建证并不等同于不动产权证，它不能证明您对房屋拥有完整的产权。
不动产权证的重要性：
- 不动产权证是房屋所有权的法律凭证，它证明了您对房屋拥有合法的产权。没有不动产权证，您的房屋在法律上可能存在产权瑕疵，这可能影响您在纠纷中的法律地位。
违章建筑认定：
- 违章建筑通常指的是未经规划部门批准，擅自建设的建筑物。如果您虽然拥有准建证，但建房过程中存在违反规划、建设规范等行为，或者建房后未按照要求办理不动产权证，那么您的房屋有可能被认定为违章建筑。
二、邻居起诉的影响
法律程序：
- 如果邻居将您起诉为违章建筑，案件将进入法律程序。您需要积极应诉，提供相关证据证明您的建房行为是合法的，或者至少不是完全非法的。
可能的法律后果：
- 如果法院最终认定您的房屋为违章建筑，您可能面临拆除、罚款等法律后果。同时，这也可能影响您与邻居之间的关系，甚至引发更多的纠纷。
证据收集与应诉策略：
- 您需要收集准建证、建房过程中的相关文件、照片等证据，以证明您的建房行为是合法的。同时，您也可以咨询专业律师，制定应诉策略，以最大程度地维护您的合法权益。
三、建议与措施
尽快办理不动产权证：
- 如果条件允许，您应尽快办理不动产权证，以完善房屋的产权手续，减少法律风险。
与邻居协商解决：
- 在法律程序之外，您也可以尝试与邻居进行协商，寻求和解的可能性。通过协商，您可以了解邻居的具体诉求，并尝试找到双方都能接受的解决方案。
咨询专业律师：
- 鉴于此类纠纷的复杂性和专业性，我建议您咨询专业律师，特别是擅长房产纠纷领域的律师。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和应诉策略。
四、特殊情况考虑
- 如果您建房时确实存在违反规划或建设规范的行为，但这些行为并未对邻居造成实质性损害，或者邻居的起诉存在恶意或不合理之处，您也可以在应诉过程中提出相应的抗辩理由。
最后，面对此类纠纷，保持冷静和理性至关重要。您应积极收集证据，咨询专业律师，并按照法律程序进行应诉。如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。