合同中约定了仲裁条款后，一般情况下当事人不能直接向法院起诉，但在特定法定情形下可以。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下不能起诉的依据与原因

1. 一裁终局制度：根据《中华人民共和国仲裁法》第九条，仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。这是我国仲裁制度的基本原则，旨在确保仲裁裁决的权威性和终局性。

2. 仲裁协议的约束力：当事人在合同中约定仲裁条款，即表示双方同意将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁，并接受仲裁裁决的终局性。有效的仲裁协议对双方当事人具有法律约束力，排除了法院对同一纠纷的管辖权。

二、特定情况下可以起诉的情形

尽管存在一裁终局的原则，但在以下特定情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：

1. 仲裁裁决被撤销：

   • 如果仲裁裁决存在法定可撤销情形，如没有仲裁协议、裁决事项超出仲裁协议范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭组成或程序违反法定程序等，当事人可以在收到裁决书之日起六个月内，向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
   • 若裁决被撤销，当事人可以就该纠纷重新申请仲裁或向法院起诉。

2. 仲裁裁决不予执行：

   • 如果被申请人提出证据证明仲裁裁决存在特定问题，如没有仲裁条款、裁决事项超范围、程序违法等，并经法院审查核实后，法院可以裁定不予执行仲裁裁决。
   • 在这种情况下，当事人可以根据书面仲裁协议重新申请仲裁或向法院起诉。

3. 仲裁协议无效：

   • 如果仲裁协议本身无效，如协议内容不明确、未达成合意、违反法律规定等，则当事人不受仲裁裁决的约束，有权向法院起诉。
   • 例如，根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条，约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议的，均属于无效仲裁协议。

4. 双方放弃仲裁协议：

   • 如果一方向法院起诉时，没有向法院声明双方存在仲裁协议，而另一方在首次开庭前也未对法院受理该案提出异议，那么这将被视为双方放弃了仲裁协议。此时，法院可以继续审理该案。

三、实际操作建议

1. 审查仲裁协议的有效性：在处理涉及仲裁协议的纠纷时，当事人应首先审查仲裁协议的有效性。如果仲裁协议有效，则应依约通过仲裁解决纠纷；如果仲裁协议无效或存在其他特定情形，则可以考虑向法院提起诉讼。

2. 准备充分的证据材料：如果当事人认为仲裁裁决存在错误或违反法律规定等情况，并打算向法院申请撤销或不予执行仲裁裁决，或者打算就同一纠纷向法院提起诉讼，那么应当准备充分的证据材料来支持自己的主张。

3. 及时咨询并寻求专业帮助：在处理复杂的仲裁与诉讼问题时，建议当事人及时向我咨询，以获取准确的法律意见和指导，确保自身权益得到有效维护。

综上所述，合同中约定了仲裁条款后，当事人应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁解决纠纷。但在特定法定情形下，如仲裁裁决被撤销、不予执行、仲裁协议无效或双方放弃仲裁协议等，当事人仍然可以向法院提起诉讼。