结论：灵活打卡制度下休息日工作是否需要调休，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规综合判断，具体分以下两种情况说明：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确约定“灵活打卡需调休”

• 法律依据：根据《劳动法》第三十八条，用人单位应保证劳动者每周至少休息1日；第四十四条明确，休息日安排工作且不能安排补休的，需支付不低于工资200%的加班费。
  
• 实务分析：若公司通过规章制度或劳动合同约定“灵活打卡员工在休息日工作需调休”，且该制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），则属于合法有效的安排。此时，公司可优先通过调休补偿休息日工作，无需支付加班费。
  
• 例外情形：若调休因公司原因无法安排（如业务繁忙），则仍需按200%标准支付加班费。

2. 若公司未明确约定调休规则，或制度未履行民主程序

• 法律风险：根据《劳动合同法》第四条，直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、加班）需经民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效。
  
• 实务建议：
  
  • 若公司未约定调休规则，劳动者有权主张按200%标准支付休息日加班费；
    
  • 若制度未公示或未履行民主程序，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付加班费或补足调休。

补充说明：灵活打卡的特殊性

灵活打卡通常允许员工在一定范围内自主安排工作时间（如早晚弹性到岗），但不改变“标准工时制”的本质。即使实行灵活打卡，休息日工作仍需遵循《劳动法》关于加班补偿的规定，公司不得以“灵活”为由免除法定责任。

建议：若您所在公司存在此类安排，可先查阅劳动合同、员工手册中关于“灵活打卡”和“加班调休”的条款；若条款模糊或未约定，建议与公司协商明确补偿方式，必要时保留工作记录（如打卡记录、加班通知）以维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。