在租赁合同中，若租赁使用部门和实际付款部门不一致，甲乙双方可以在合同中明确约定相关条款，以避免后续纠纷。以下是一些建议及具体写法：

1. 明确租赁使用部门与付款部门的关系：

   • 在合同中，首先应清晰描述租赁物的使用部门（即实际使用租赁物的部门或单位）以及实际付款部门（即负责支付租金的部门或单位）。
   • 可以写明：“本合同项下租赁物由甲方（或乙方）的XX部门使用，但租金由甲方（或乙方）的XX部门支付。”

2. 约定付款责任与义务：

   • 明确实际付款部门的付款责任，包括租金的支付时间、支付方式、支付账户等。
   • 可以写明：“实际付款部门应按照本合同约定的时间和方式，将租金支付至甲方（或乙方）指定的银行账户。如因实际付款部门未按时支付租金而导致的任何违约责任，由实际付款部门承担。”

3. 设定违约责任与救济措施：

   • 约定若实际付款部门未按时支付租金，甲方（或乙方）有权采取的措施，如催告、解除合同、要求赔偿损失等。
   • 可以写明：“若实际付款部门未按照本合同约定的时间支付租金，甲方（或乙方）有权向实际付款部门发出催告通知。若实际付款部门在催告通知发出后XX日内仍未支付租金，甲方（或乙方）有权解除本合同，并要求实际付款部门赔偿因此造成的损失。”

4. 考虑税务与发票问题：

   • 若涉及税务问题，如租金发票的开具，也应在合同中明确约定。
   • 可以写明：“甲方（或乙方）应按照税法规定，向实际付款部门开具合法有效的租金发票。实际付款部门应提供必要的税务信息，以便甲方（或乙方）开具发票。”

5. 其他条款：

   • 根据实际情况，双方还可以约定其他相关条款，如租赁物的维护、保险、违约责任的具体计算方式等。

示例合同条款：

“本合同由甲方（出租方）与乙方（承租方）签订，鉴于乙方因内部管理需要，指定其XX部门为租赁物的使用部门，而租金由乙方的XX部门支付。双方经友好协商，达成如下协议：

一、租赁物及使用部门：甲方将位于XX的XX（租赁物详情）出租给乙方，由乙方的XX部门使用。

二、租金及付款部门：租金为每月XX元，由乙方的XX部门负责支付。乙方应确保其付款部门按时、足额支付租金至甲方指定的银行账户。

三、违约责任：若乙方的付款部门未按照本合同约定的时间支付租金，甲方有权向乙方发出催告通知。若乙方在催告通知发出后XX日内仍未支付租金，甲方有权解除本合同，并要求乙方赔偿因此造成的损失。

四、税务与发票：甲方应按照税法规定，向乙方的付款部门开具合法有效的租金发票。乙方应提供必要的税务信息，以便甲方开具发票。

五、其他条款：…（其他相关条款）”

在签订合同时，双方应仔细阅读合同条款，确保所有内容均符合双方的真实意愿和法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。