在甲方违约的情况下，乙方自由实施该专利权的情形主要取决于双方合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同明确约定违约后专利权实施权：
- 如果甲乙双方在合同中明确约定，在甲方违约的情况下，乙方有权自由实施该专利权，那么乙方在甲方违约后，即可依据合同约定行使这一权利。
- 示例：合同中规定“若甲方未按时支付专利使用费，乙方有权在违约期间内自由实施该专利，且无需支付额外费用”。
合同未明确约定但可推断：
- 如果合同中没有直接规定甲方违约后乙方的专利权实施权，但根据合同的整体条款和目的，可以合理推断出在甲方违约的情况下，乙方应享有某种程度的专利权实施权。
- 分析：这种情况下，需要综合考虑合同的性质、目的、交易习惯以及诚实信用原则等因素，进行合理推断。
二、法律法规的规定
专利法保护：
- 根据《中华人民共和国专利法》的相关规定，专利权人享有独占实施权，但这一权利并非绝对不受限制。在特定情况下，如专利权被宣告无效、专利权期限届满或专利权人放弃专利权等，专利权将终止或受到限制。
- 与甲方违约的关系：虽然甲方违约并不直接导致专利权终止或受到限制，但如果甲方的违约行为严重损害了乙方的利益，且合同中没有明确约定违约后的处理方式，乙方可能可以依据《民法典》中关于合同违约和损害赔偿的规定，寻求法律救济，包括要求甲方承担违约责任、赔偿损失等。在极端情况下，如果甲方的违约行为构成根本违约，乙方甚至可能有权解除合同，并在此后自由实施该专利（但需注意，这并不意味着乙方自动获得专利权，而是可能基于合同解除后的法律后果获得某种程度的实施权）。
反不正当竞争法保护：
- 如果甲方的违约行为同时构成了不正当竞争行为，如擅自使用乙方的专利技术进行生产、销售等，乙方还可以依据《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，要求甲方停止侵权行为、赔偿损失等。
- 与专利权实施的关系：在这种情况下，乙方虽然不是直接基于专利权行使实施权，但可以通过制止甲方的侵权行为，间接维护自己的市场利益和竞争优势。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 乙方应首先仔细审查与甲方签订的合同条款，特别是关于违约责任和专利权实施权的约定。
收集证据：
- 如果甲方确实存在违约行为，乙方应及时收集相关证据，如合同文本、付款记录、通信记录等，以证明甲方的违约事实。
寻求法律救济：
- 根据合同约定和法律法规的规定，乙方可以选择通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式寻求法律救济。
谨慎实施专利权：
- 即使乙方在甲方违约后获得了某种程度的专利权实施权，也应谨慎行事，确保自己的实施行为不违反法律法规的规定，不侵犯他人的合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。