结论：营运车非本人驾驶发生事故后，保险公司是否负责需分情况讨论，主要取决于保险合同约定、驾驶人资质及是否存在免责情形。以下是具体分析：

1. 保险合同是否明确约定“指定驾驶人”

• 若合同未指定驾驶人：保险公司通常需承担赔偿责任。根据《保险法》及《机动车交通事故责任强制保险条例》，保险责任范围以“车辆”为核心，而非特定驾驶人。只要事故符合保险条款（如事故性质、责任比例等），保险公司应理赔。
• 若合同明确指定驾驶人：非指定人员驾驶导致事故的，保险公司可能拒赔。例如，营运车保险合同中约定“仅限车主或特定员工驾驶”，此时非指定人员驾驶属于合同免责范围，保险公司有权拒绝赔偿。

2. 驾驶人是否具备合法驾驶资质

• 驾驶人无有效驾驶证或准驾不符：保险公司通常拒赔。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条，驾驶人未取得驾驶资格或醉酒驾驶的，保险公司仅在交强险范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿，商业险则直接免责。
• 驾驶人资质合法但非营运资质：若车辆为营运性质（如出租车、货车），但驾驶人无相应营运资格（如道路运输从业人员资格证），保险公司可能以“违反法律禁止性规定”为由拒赔，但需结合具体合同条款判断。

3. 是否存在其他免责情形

• 故意制造事故或逃逸：无论驾驶人是否为车主，保险公司均不承担赔偿责任。
• 车辆未年检或非法改装：若事故与车辆状态直接相关（如刹车失灵因未年检导致），保险公司可能拒赔。
• 商业险特别约定：部分商业险合同会约定“非营运用途车辆从事营运活动时免责”，若车辆性质与合同不符，保险公司可能拒赔。

4. 实务建议

• 车主：投保时应明确驾驶人范围，避免因“指定驾驶人”条款限制理赔；定期检查车辆及驾驶人资质，确保合规。
• 实际驾驶人：非车主驾驶前需确认自身资质及车辆保险状态，避免因无证或准驾不符导致责任自担。
• 事故后处理：立即报警并通知保险公司，保留现场证据；若保险公司拒赔，可依据合同条款或法律规定主张权利，必要时通过诉讼解决。

总结：营运车非本人驾驶发生事故后，保险公司是否负责需结合合同条款、驾驶人资质及事故原因综合判断。建议车主及驾驶人提前核实保险条款，确保合规驾驶，以降低理赔风险。如有具体案件，可进一步提供细节，我将为您详细分析。