结论：签了房屋使用权协议后，房主卖掉房屋是否合法，这主要取决于使用权协议的具体内容、签订背景以及相关法律法规的规定。以下从几个关键角度进行分析：

1. 使用权协议的性质与效力：

   • 使用权协议，若仅赋予承租人或使用人房屋的使用权，而并未转移房屋的所有权，则房主作为所有权人，在法律上仍保留对房屋的处分权。但这种处分权受到使用权协议的约束，如果协议中明确规定了房主在协议有效期内不得出售房屋，或者出售房屋需征得使用人同意等条款，那么房主擅自出售房屋可能构成违约。
   • 若使用权协议未对房屋出售作出明确限制，房主在协议有效期内出售房屋，虽然可能对使用人造成不便，但并不直接构成违法。不过，房主可能需要承担因提前解除协议或变更使用条件而给使用人造成的损失赔偿责任。

2. 相关法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同（虽直接针对的是租赁，但使用权协议在性质上与之相似）的规定，租赁期限内，出租人出售租赁房屋的，应当在出卖之前的合理期限内通知承租人，承租人享有以同等条件优先购买的权利。这一规定虽主要针对租赁合同，但体现了法律对使用人权益的保护，类似原则也可能适用于其他形式的使用权协议。
   • 如果房屋出售涉及共有财产，如夫妻共有、家庭共有等，房主出售房屋还需征得其他共有人的同意，否则可能构成无权处分，导致买卖合同无效或可撤销。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于使用人而言，在签订使用权协议时，应明确约定房屋出售的相关条款，如出售通知义务、优先购买权、违约责任等，以保障自身权益。
   • 对于房主而言，在出售房屋前，应仔细审查使用权协议，确保出售行为不违反协议约定，并提前与使用人沟通，尽量减少对使用人的影响。
   • 若双方因房屋出售问题产生纠纷，可首先尝试通过协商解决；协商不成的，可寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。

特殊情况说明：

• 如果房屋使用权协议实际上构成了“以租代售”或类似安排，即使用人通过长期支付租金等方式实质上获得了房屋的所有权或类似权益，那么房主擅自出售房屋可能构成对使用人权益的严重侵害，使用人可依法主张权利。
• 在某些特定情况下，如房屋属于政策性住房（如经济适用房、廉租房等），其出售可能受到更严格的限制和监管，房主需遵守相关规定，否则可能面临法律责任。

总结与建议： 签了房屋使用权协议后，房主卖掉房屋是否合法，需根据具体情况判断。为避免纠纷，建议双方在签订协议时明确约定相关条款，并在出售房屋前充分沟通、协商。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。