在征收拆迁中，认定房屋合法程序的主要法律法规依据是《国有土地上房屋征收与补偿条例》以及相关的实施细则和地方性法规。以下从几个关键角度为您详细阐述：

1. 房屋征收决定程序：

   • 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行社会稳定风险评估，并组织有关部门对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。这一步骤是认定房屋合法性的重要前提，确保只有合法建筑才能被纳入征收范围。
   • 房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布，这是确保征收过程公开透明、保障被征收人知情权的重要环节。

2. 房屋合法性认定标准：

   • 房屋的合法性通常依据其是否取得合法的建设规划许可、房产证等权属证明来认定。如果房屋未经规划许可或未取得房产证，但符合一定条件（如历史遗留问题、政策性住房等），也可能被认定为合法建筑，具体需根据地方性法规和政策来判断。
   • 在征收过程中，对于未经登记的建筑，房屋征收部门会组织相关部门进行调查、认定和处理。如果认定为合法建筑，则应给予补偿；如果认定为违法建筑，则可能不予补偿或按照违法建筑的处理程序进行拆除。

3. 补偿程序与合法性关联：

   • 房屋征收部门与被征收人依照条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。这一过程中，房屋的合法性是确定补偿金额和方式的重要依据。
   • 如果被征收人对补偿决定不服，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，房屋的合法性也是争议焦点之一，法院或复议机关会依据相关法律法规和事实证据进行裁决。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在征收拆迁过程中，被征收人应积极配合房屋征收部门的调查登记工作，提供必要的权属证明和资料。
   • 如果对房屋的合法性认定有异议，应及时向房屋征收部门提出，并要求其出具书面认定意见。必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

建议：在面对征收拆迁时，被征收人应首先了解自己的房屋是否合法，并保留好相关的权属证明和资料。如果对征收程序或补偿方案有异议，应及时与房屋征收部门沟通协商，或寻求法律途径解决。如果您在征收拆迁过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。