关于博士入职公务员后，在读期间是否记工龄以及是否合法的问题，这主要涉及到国家对于工龄计算的相关规定。

首先，根据国家教育委员会、劳动部、人事部联合发布的教高《博士和在职人中考取硕士生学习期间工龄计算问题的通知》（[1990]001号）文件，国内博士在学习期间是计入工龄时间的。这一规定明确了博士在读期间的工龄计算方式，为博士毕业生入职后的工龄认定提供了依据。

其次，对于公务员入职后的工龄计算，通常也会遵循这一原则。也就是说，如果博士毕业生在入职公务员前已经完成了博士学业，那么其博士在读期间的时间应当计入工龄。这一计算方式不仅合法，而且符合国家对于工龄计算的相关规定。

此外，关于工龄与带薪年假的关系，根据《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，职工连续工作满12个月以上的，享受带薪年休假，且休假天数根据职工累计工作时间确定。因此，博士在读期间计入工龄，也意味着这段时间可以计入带薪年假的计算工作年限中。

综上所述，博士入职公务员后，在读期间是计入工龄的，这一计算方式不仅合法，而且符合国家对于工龄计算和带薪年假的相关规定。如果您在入职过程中遇到任何关于工龄计算的问题，建议及时与所在单位的人事部门或相关政府部门进行沟通，以确保您的权益得到保障。