结论：个体工商户通过纳税公司做国补是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合国家补贴政策要求及税务合规性。

1. 若纳税公司仅作为代缴税款及申报补贴的中介，且符合政策要求，则合法。
   国家补贴政策通常要求申请主体（如个体工商户）直接符合条件（如行业、规模、经营资质等），并通过合法渠道申报。若纳税公司仅协助个体工商户完成税务申报、材料整理等程序性工作，且补贴资金最终归属个体工商户，则属于合法代理行为。但需注意：

   • 纳税公司需具备代理资质（如税务师事务所资质）；
     
   • 申报材料需真实、完整，不得虚构经营数据或伪造凭证；
     
   • 补贴资金流向需清晰，避免被认定为“套取补贴”。

2. 若纳税公司通过虚构交易、转移利润等方式帮助个体工商户获取补贴，则违法。
   若纳税公司与个体工商户串通，通过以下方式套取补贴：

   • 虚构采购、销售合同，制造虚假经营流水；
     
   • 将个体工商户的利润转移至纳税公司，以降低申报门槛；
     
   • 伪造资质证明或隐瞒真实经营情况，则可能构成诈骗罪或骗取补贴罪。
     根据《刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物数额较大的，可处三年以下有期徒刑；若涉及国家补贴，还可能触犯《财政违法行为处罚处分条例》，面临行政处罚（如追回补贴、罚款）及刑事责任。

3. 税务合规性是核心判断标准。
   即使纳税公司未直接参与套取补贴，若其协助个体工商户隐瞒收入、虚开发票等行为导致税务违法，仍可能面临：

   • 税务机关追缴税款、滞纳金及罚款（《税收征收管理法》第六十三条）；
     
   • 若情节严重（如虚开税款数额超10万元），可能构成虚开增值税专用发票罪（《刑法》第二百零五条）。

建议：

• 个体工商户应直接了解补贴政策要求，确保自身符合条件后再申报；
  
• 若需委托代理，应选择正规机构，并保留委托合同、申报材料等证据；
  
• 避免与代理方约定“分成补贴”等违规条款，防止被认定为共同违法。
  

如有具体操作细节或政策疑问，可进一步向我咨询，我会结合您所在地区的补贴政策及行业特点详细分析。