针对您提出的问题，即购房合同上是夫妻两人的名字，但发票上只有一人的名字，在办理不动产证时如何处理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使发票上只有夫妻一方的名字，您仍然可以在办理不动产证时将房产登记为夫妻共有。这是因为购房合同上已经明确显示了夫妻两人的名字，这表明了双方对该房产的共同购买意愿。

办理流程及所需材料：

1. 申请主体：

   • 夫妻双方需要共同向不动产登记机构提出申请。

2. 所需材料：

   • 申请人身份证原件：夫妻双方均需提供。
   • 转移登记申请表：此表由不动产登记机构提供，需填写完整。
   • 首次登记证明单：如果这是您首次办理该房产的不动产证，需要提供此证明单。
   • 已备案的购房合同：这是证明您购买该房产的重要文件，必须提供。
   • 发票：尽管发票上只有一方的名字，但它仍然是证明您支付房款的重要凭证，需要提供。
   • 婚姻关系证明材料：如结婚证等，用于证明夫妻关系。
   • 其他必要材料：根据当地不动产登记机构的具体要求，可能还需要提供其他相关材料。

3. 特殊情况处理：

   • 如果您是贷款购房，需要先与抵押银行联系，银行同意并修改原有的抵押合同后，才能继续办理不动产证。这是因为贷款购房时，房产通常作为抵押物，银行需要确保抵押物的权属清晰。

4. 税费问题：

   • 在办理不动产证时，根据相关规定，夫妻间加名字或变更产权归属通常属于免征税范围。但具体是否免征以及免征的具体条件，可能因地区而异，建议您咨询当地税务部门或不动产登记机构以获取准确信息。
   • 不动产登记机构可能会收取证书工本费，具体费用标准请咨询当地机构。

注意事项：

• 在办理过程中，请确保所有提供的材料真实、有效、完整。
• 夫妻双方需共同到场办理，以确保申请的顺利进行。
• 如果对办理流程或所需材料有任何疑问，建议提前咨询当地不动产登记机构或相关部门，以免耽误办理进度。

综上所述，即使发票上只有夫妻一方的名字，您仍然可以通过提供完整的购房合同和其他必要材料，将房产登记为夫妻共有。在办理过程中，请遵循当地不动产登记机构的具体要求，并确保所有材料的真实性和有效性。