员工问题造成的损失由谁来承担，需根据具体情况综合判断，主要包括以下几种情况：

1. 员工故意或重大过失造成损失

• 责任承担：若员工明知自己的行为会给单位带来损害后果，却希望或者放任这种结果的发生（故意），或者在工作中存在重大过失（即未达到一般人在相同情况下应有的注意程度），导致损失，员工通常需要承担赔偿责任。
• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
• 实例说明：如员工为报复公司，故意删除重要业务数据，导致公司业务停滞并遭受重大经济损失，该员工应对公司的损失承担赔偿责任。又如，货车司机明知刹车故障却未报修，导致交通事故及货物损毁，公司可按规定要求该司机承担相应赔偿责任。

2. 员工一般过失造成损失

• 责任承担：若员工因一般过失（即在正常工作中因难以避免的原因出现失误，且已尽到合理注意义务）导致损失，通常不需要承担赔偿责任。用人单位作为经营活动的组织者和受益者，应承担一定的经营风险。
• 实例说明：超市收银员因商品条形码模糊误扫价格，导致少收货款，属于一般过失，该收银员无需承担赔偿责任。

3. 职务行为造成第三方损失

• 责任承担：员工在执行工作任务过程中对第三方造成损失，一般由用人单位承担侵权责任。若员工有故意或重大过失，用人单位在承担责任后可向员工追偿。
• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条第一款，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任；用人单位承担侵权责任后，可向有故意或者重大过失的工作人员追偿。
• 实例说明：快递员送货途中闯红灯发生交通事故，导致汽车受损，应由快递公司承担赔偿责任。若快递员存在故意或重大过失，快递公司在赔偿后可向其追偿。

4. 劳动合同与规章制度的约定

• 责任承担：若劳动合同中有明确约定或单位有合法的规章制度规定了员工造成损失时的赔偿责任，应按约定或制度执行。但合同约定的赔偿责任应合理，否则员工有权请求法律调整。

5. 双方过错情况

• 责任承担：若员工和用人单位均有过错导致损失，应根据各自过错程度分担损失责任。例如，若企业存在制度缺失、培训不足、监督不力等问题，也需分担部分责任。

建议措施：

• 企业层面：完善制度流程，明确岗位职责与风险点；加强培训与监督，降低人为错误概率；购买商业保险（如雇主责任险）转移风险。
• 员工层面：提高风险意识，严格按规范操作；发现潜在问题及时上报，避免损失扩大。
• 争议解决：通过协商、调解或劳动仲裁解决纠纷，避免诉讼成本。

总结：员工问题造成的损失由谁来承担，需结合员工过错程度、行为性质、劳动合同及单位规章制度等多方面因素进行综合判断。在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师（即我本人，吴敏律师，专注于劳动纠纷等领域）以获取更具体的法律意见和帮助，确保符合相关法律法规的规定。