借款合同公证虽然在一定程度上能够增强合同的法律效力和证据效力，但在实际操作过程中，也存在一些潜在的弊端和风险点，以下是对这些弊端的详细分析：
一、公证流程可能增加交易成本和时间
费用增加：借款合同公证需要支付一定的公证费用，这增加了借款双方的交易成本。对于小额借款而言，公证费用可能相对较高，使得公证变得不经济。
时间延长：公证流程通常包括申请、审查、出具公证书等多个环节，这可能需要一定的时间。在急需资金的情况下，公证流程可能会延长借款的到账时间，影响借款人的资金使用效率。
二、公证内容可能受限或存在误解
公证范围限制：根据司法部出台的公证执业“五不准”措施，公证机构不得办理非金融机构融资合同公证（特定机构除外）。这意味着，如果借款双方不属于金融机构或特定机构，其借款合同可能无法进行公证。
公证内容误解：公证机构在出具公证书时，主要对合同的真实性和合法性进行审查，但并不对合同的具体条款和履行情况进行担保。因此，即使借款合同经过了公证，也不能完全避免合同履行过程中的风险和纠纷。
三、公证可能引发法律风险和纠纷
公证瑕疵风险：如果公证机构在公证过程中存在疏忽或错误，如未严格审查合同内容、未核实当事人身份等，可能导致公证书存在瑕疵。这可能会影响公证书的法律效力，甚至引发法律纠纷。
公证后变更困难：一旦借款合同经过公证，其变更或撤销将受到一定限制。如果借款双方在合同履行过程中需要变更合同条款或解除合同，可能需要重新进行公证或面临其他法律障碍。
四、特定情境下的公证限制
涉及不动产处分的限制：根据相关规定，公证机构不得办理涉及不动产处分的全项委托公证，也不得办理具有担保性质的委托公证。这限制了借款合同中涉及不动产抵押或担保的公证可能性。
实质审查要求：公证机构在出具公证书时，需要进行实质审查，确保合同内容的真实性和合法性。然而，这种实质审查可能无法完全覆盖所有风险点，特别是当合同涉及复杂经济关系或专业领域时。
建议与注意事项
权衡利弊：借款双方在决定是否进行借款合同公证时，应权衡公证带来的法律效力和证据效力与增加的成本和时间之间的利弊关系。
选择正规公证机构：如果决定进行公证，应选择具有良好信誉和资质的正规公证机构，以确保公证的质量和效力。
完善合同条款：无论是否进行公证，借款双方都应完善合同条款，明确各自的权利和义务，以减少合同履行过程中的风险和纠纷。
增强法律意识：借款双方应增强法律意识，了解相关法律法规和公证流程，以便在发生纠纷时能够及时维护自己的合法权益。
综上所述，借款合同公证虽然具有一定的法律效力和证据效力，但也存在一些潜在的弊端和风险点。借款双方在决定是否进行公证时，应充分考虑自身情况和实际需求，做出明智的选择。