将实质性条款作为评分项，并不一定会直接导致废标，但需根据具体情况判断其是否符合法律法规及招标文件的规定。以下从不同角度进行分析：

一、法律法规层面

1. 《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：

   • 招标文件应当包括招标项目的技术要求、对投标人资格审查的标准、投标报价要求和评标标准等所有实质性要求和条件。
   • 评标标准应当明确、具体，且不得含有倾向或者排斥潜在投标人的内容。
   • 如果将实质性条款作为评分项，但这些条款本身并不违反法律法规的强制性规定，且评标标准明确、公正，那么通常不会导致废标。

2. 实质性条款的定义：

   • 实质性条款通常指的是影响合同履行、项目质量、安全等关键方面的条款。
   • 如果将这些条款作为评分项，是为了更全面地评估投标人的综合能力和对项目的理解程度，且评分标准合理、透明，那么这种做法是可行的。

二、招标文件规定层面

1. 招标文件的明确性：

   • 招标文件应当明确说明哪些条款是实质性条款，以及这些条款在评标中的具体作用。
   • 如果招标文件未明确说明实质性条款作为评分项的具体规则，或者规则模糊、存在歧义，那么可能导致评标过程中的争议和废标风险。

2. 评分标准的合理性：

   • 评分标准应当与实质性条款的内容紧密相关，且能够客观、公正地反映投标人的实力。
   • 如果评分标准设置不合理，如过于主观、缺乏客观依据，或者与实质性条款无直接关联，那么可能引发投诉和废标。

三、实际操作层面

1. 评标委员会的判断：

   • 评标委员会在评标过程中，会根据招标文件的规定和评分标准对投标文件进行评审。
   • 如果评标委员会认为将实质性条款作为评分项符合招标文件的规定和法律法规的要求，且评分标准合理、公正，那么通常不会提出废标建议。

2. 投标人的应对策略：

   • 投标人在编制投标文件时，应仔细阅读招标文件，了解哪些条款是实质性条款，以及这些条款在评标中的具体作用。
   • 投标人应根据招标文件的要求和评分标准，有针对性地准备投标文件，确保能够充分展示自己的实力和对项目的理解程度。

四、可能的风险与后果

1. 废标风险：

   • 如果将实质性条款作为评分项的做法违反了法律法规的强制性规定或招标文件的规定，或者评分标准设置不合理、存在歧义，那么可能导致废标。

2. 投诉与争议：

   • 即使未导致废标，如果投标人对将实质性条款作为评分项的做法存在异议，也可能引发投诉和争议，影响招标的顺利进行。

建议：在编制招标文件时，应明确说明实质性条款作为评分项的具体规则和评分标准，确保规则合理、透明、无歧义。同时，投标人在编制投标文件时，也应仔细阅读招标文件，了解并遵守相关规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。