投标文件实质性条款未在指定格式，在大多数情况下是可能导致废标的，但具体是否废标需根据招标文件的实质性要求、格式偏差的严重程度以及投标人的合理解释等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与实质性要求
法律依据：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第二十七条，投标人应当按照招标文件的要求编制投标文件，并对招标文件的实质性要求和条件作出响应。
- 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十一条也明确规定，投标文件没有对招标文件的实质性要求和条件作出响应的，评标委员会应当否决其投标。
实质性要求：
- 实质性要求通常指的是招标文件中那些对投标人资格、投标内容、投标报价等具有决定性影响的要求。
- 格式要求，如果招标文件中明确将其列为实质性要求，那么投标文件必须严格遵守，否则可能导致废标。
二、格式要求与废标情形
格式要求属于实质性要求：
- 当招标文件中明确规定了特定的格式要求，并强调其对于确保投标文件规范性、统一性以及便于评标的重要性时，这些格式要求即被视为实质性要求。
- 若投标文件未满足这些实质性格式要求，如纸张大小、边距、字体、字号、电子文档格式等，且影响了评标委员会的评审工作，则很可能导致废标。
影响评标公正性和准确性：
- 如果投标文件的格式不符合要求，导致评标委员会无法准确理解投标内容、进行有效比较和评审，如报价表格填写不规范、缺少必要资质证明等，也可能导致废标。
三、特殊情况下不一定废标
格式要求不属于实质性要求：
- 在某些情况下，如果格式要求相对次要，不影响投标文件的实质性内容和评标委员会的评审，那么即使投标文件未按该格式要求编制，也不一定会废标。例如，仅要求使用特定纸张大小打印，但实际使用了不同大小的纸张，且未影响投标内容的阅读和理解。
存在合理偏差且有合理解释：
- 如果投标人因特殊原因（如不可抗力事件）未能按照招标文件规定的格式编制投标文件，并且能够提供合理的解释和说明，评标委员会可能会酌情考虑不废标。这种情况下，投标人应尽快向评标委员会提交相关证明材料，以便其进行综合考虑。
四、对投标人的建议
- 仔细阅读招标文件：在编制投标文件前，务必仔细阅读招标文件的所有条款和要求，特别是关于格式和实质性要求的部分。
- 严格遵守格式要求：按照招标文件规定的格式和要求进行编制，确保投标文件的合规性和有效性。
- 注意细节问题：除了格式要求外，还应关注投标文件的密封、递交时间等细节问题，以避免因这些细节问题而导致废标。
总结来说，投标文件实质性条款未在指定格式是否废标，需根据具体情况综合判断。作为投标人，应尽可能严格遵守招标文件的格式和要求，以降低废标风险。如果您在投标过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。