用工单位与劳务派遣单位之间的纠纷案由确定，需根据纠纷的具体性质和内容来综合判断。以下是从不同角度对这一问题进行的详细分析：
一、一般情形下的案由确定
劳务派遣协议纠纷：
- 案由基础：用工单位与劳务派遣单位之间通常会签订劳务派遣协议，明确双方的权利和义务。若因协议的履行、变更、解除或终止等产生争议，案由可确定为“劳务派遣协议纠纷”。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第五十九条，劳务派遣单位派遣劳动者应当与接受以劳务派遣形式用工的单位（即用工单位）订立劳务派遣协议。劳务派遣协议应当约定派遣岗位和人员数量、派遣期限、劳动报酬和社会保险费的数额与支付方式以及违反协议的责任等内容。
侵权责任纠纷：
- 案由基础：若用工单位在劳务派遣过程中，因过错侵害了劳务派遣单位或劳动者的合法权益，如未按照约定支付劳务费用、未提供必要的工作条件等，导致劳务派遣单位或劳动者受损，案由可确定为“侵权责任纠纷”。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
二、特殊情形下的案由确定
不具备合法经营资格的劳务派遣单位引发的纠纷：
- 案由基础：若劳务派遣单位不具备合法经营资格，而用工单位仍与其签订劳务派遣协议并接受劳务派遣服务，因此产生的纠纷可能涉及非法用工、合同无效等法律问题，案由可能确定为“确认合同无效纠纷”或“非法用工纠纷”等。
- 特殊处理：在此类纠纷中，除了追究用工单位的责任外，还可能涉及对劳务派遣单位出资人的责任追究。
劳务派遣单位或用工单位的分立、合并引发的纠纷：
- 案由基础：若劳务派遣单位或用工单位在劳务派遣协议履行期间发生分立、合并等变更情况，导致原协议无法继续履行或产生新的争议，案由可能确定为“合同变更纠纷”或“合同解除纠纷”等。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。但若合同主体发生分立、合并等变更情况，可能涉及合同权利义务的承继问题。
三、实务建议
- 明确协议条款：用工单位与劳务派遣单位在签订劳务派遣协议时，应明确约定双方的权利和义务、违约责任等内容，以减少纠纷的发生。
- 加强沟通协调：在劳务派遣过程中，用工单位与劳务派遣单位应保持密切沟通，及时解决出现的问题，避免纠纷的扩大化。
- 依法维权：若发生纠纷，双方应依法通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决，维护自身的合法权益。
总结来说，用工单位与劳务派遣单位之间的纠纷案由确定需根据纠纷的具体性质和内容来综合判断。在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商或调解解决争议；若协商或调解无果，可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。