结论：工程项目联合体牵头方一般不能仅以业主方未付清工程款为由，直接抗辩联合体成员的付款请求，但具体情况需结合联合体协议及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 联合体协议的约定是关键

联合体成员之间的权利义务关系，首先取决于联合体协议的具体约定。若协议中明确约定：

• 牵头方付款义务独立于业主付款：即无论业主是否付款，牵头方均需按约定向成员支付款项，则牵头方不得以业主未付款为由抗辩。此时，牵头方与成员之间的付款关系，与业主和联合体之间的付款关系相互独立。
• 牵头方付款义务以业主付款为前提：若协议明确约定“牵头方在收到业主工程款后，再按比例向成员支付”，则牵头方可能以业主未付款为由抗辩。但需注意，此类条款可能因显失公平或违反合同相对性原则，在司法实践中被部分限制或调整。

建议：联合体成员应仔细审查协议条款，明确付款条件及抗辩权行使范围。若协议未明确约定，则需结合实际履行情况判断。

2. 实际履行情况的影响

即使协议未明确约定，实际履行情况也可能影响牵头方的抗辩权：

• 牵头方已实际控制业主付款：若牵头方负责与业主结算，且成员已按约定完成工作，但牵头方未积极向业主主张权利，导致业主未付款，则牵头方可能构成“怠于行使权利”，成员可要求其先行支付，再由牵头方向业主追偿。
• 成员工作存在瑕疵：若成员的工作存在质量问题或未达约定标准，业主拒绝付款，则牵头方可能以“成员违约导致业主拒付”为由抗辩。此时，成员需先解决自身违约问题，再主张付款。

建议：成员应保留工作完成证明、质量验收文件等证据，以证明自身履约情况；牵头方应积极向业主主张权利，避免因怠于行使权利而承担不利后果。

3. 法律原则的适用

从法律原则角度分析：

• 合同相对性原则：联合体成员与牵头方之间的付款关系，原则上不受业主与联合体之间合同的影响。牵头方不得以“业主未付款”为由，直接对抗成员的付款请求。
• 公平原则：若牵头方以业主未付款为由完全拒绝支付，可能导致成员利益严重受损，违反公平原则。司法实践中，法院可能根据具体情况，要求牵头方支付部分款项或提供担保。

建议：若发生纠纷，成员可依据《民法典》关于合同履行、抗辩权行使及公平原则的规定，主张自身权利；牵头方则需结合协议约定及实际履行情况，合理行使抗辩权。

4. 实务操作建议

• 联合体协议签订前：成员应要求明确付款条件、抗辩权行使范围及违约责任，避免模糊条款导致纠纷。
• 履行过程中：成员应定期与牵头方核对工作量及付款进度，保留书面证据；牵头方应及时向业主主张权利，避免因怠于行使权利而承担责任。
• 纠纷发生后：成员可先与牵头方协商，协商不成可依据协议约定或法律规定，通过诉讼或仲裁解决。

总结：工程项目联合体牵头方能否以业主未付清工程款抗辩成员的付款请求，需结合联合体协议约定、实际履行情况及法律原则综合判断。成员应注重协议签订及履行过程中的证据保留，牵头方则需积极行使权利，避免因怠于履行义务而承担不利后果。如有具体纠纷，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律建议。