企业偷税超过九万元，将面临税务机关的行政处罚，若构成犯罪还将被依法追究刑事责任。具体处理方式如下：

1. 税务行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，企业偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。对于偷税超过九万元的情况，罚款的幅度将根据具体情节和偷税比例来确定，但最低罚款额将不低于四万五千元（即九万元的百分之五十），最高可达四十五万元（即九万元的五倍）。
   • 税务机关在发现企业偷税行为后，会进行税务稽查，并下达税务处理决定书和税务行政处罚决定书，要求企业补缴税款、滞纳金和罚款。

2. 刑事责任追究：

   • 如果企业偷税行为构成犯罪，即偷税数额较大并且占应纳税额百分之十以上，或者因偷税被税务机关给予二次以上行政处罚又偷税的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条，犯逃税罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   • 在司法实践中，偷税数额超过九万元，且占应纳税额一定比例（通常为百分之十以上），即可能构成逃税罪。具体是否构成犯罪，还需根据案件的具体情况和相关证据来判断。

3. 后续影响与应对措施：

   • 企业偷税行为不仅会导致经济上的损失，还会对企业的声誉和信用造成严重影响。税务机关会将偷税企业列入税收违法“黑名单”，实施联合惩戒措施，如限制政府性资金支持、限制政府采购活动、限制工程招投标等。
   • 企业应积极配合税务机关的稽查工作，主动补缴税款、滞纳金和罚款，以减轻处罚和避免更严重的法律后果。同时，企业应加强内部税务管理，完善税务合规制度，防止类似偷税行为再次发生。

建议：企业应严格遵守税收法律法规，确保税务合规。如果发现存在偷税行为或面临税务稽查，应及时咨询专业律师或税务顾问，了解相关法律责任和应对措施，以维护企业的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。