考上研究生辞职的在编医生是否需要赔钱，主要取决于劳动合同中的具体条款以及是否存在法定的需支付违约金的情形。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况：无需支付违约金
在大多数情况下，如果医生与医院签订的劳动合同中没有关于服务期、保密义务、竞业限制等专门约定违约金的条款，那么医生因考上研究生而选择离职，并不需要向医院支付违约金。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的签订不可以随意约定违约金，劳动者只需按照法律规定，提前三十日以书面形式通知医院（试用期内提前三日通知），即可合法解除劳动合同。
二、特殊情况：可能需要支付违约金
服务期约定：
- 如果医院为医生提供了专项培训费用，并与其约定了服务期，而医生在服务期内离职且违反了服务期约定，那么应当按照约定向医院支付违约金。
- 违约金的数额不得超过医院提供的培训费用，并且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，若医院为医生花费10万元进行专业培训，约定服务期5年，医生工作2年后考上研究生辞职，则可能需支付6万元的违约金（计算公式为：10万元÷5年×3年）。
竞业限制协议：
- 如果医生与医院签订了竞业限制协议，并在离职后违反了该协议（如到竞争医院工作），则需要按照约定向医院支付违约金。
- 这一情形与考研离职本身无直接关联，主要看是否违反了竞业限制的特定约定。
三、注意事项与建议
- 审查劳动合同：医生在离职前，应仔细审查自己的劳动合同，了解相关约定，特别是关于服务期、保密义务和竞业限制的内容。
- 办理离职手续：离职时，医生应按照医院的规定办理离职手续，包括工作交接、财物清算等，以确保双方权益得到妥善处理，避免不必要的纠纷。
- 咨询专业意见：如果医生对劳动合同中的条款或离职后的法律责任有疑问，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
总结来说，考上研究生辞职的在编医生是否需要赔钱，需根据劳动合同的具体条款以及是否存在法定的需支付违约金的情形来判断。在大多数情况下，医生无需支付违约金；但在存在服务期约定或违反竞业限制协议等特殊情况下，则需按照约定支付相应的违约金。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。