结论：棚户区改造中不给祖遗户产权调换的权利是否合法，需结合具体法律法规、地方政策以及改造项目的具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 法律法规层面：

   • 产权调换作为房屋拆迁补偿的一种方式，通常受到《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规的规范。这些法规明确了被征收人享有选择货币补偿或产权调换的权利。
   • 然而，对于“祖遗户”这一特定概念，法律法规中可能并未直接提及。祖遗户通常指的是历史上因各种原因（如继承、赠与等）获得房屋所有权，但可能未办理现代产权登记手续的住户。其权益保护需结合地方性法规、政策以及具体案情来判断。

2. 地方政策层面：

   • 棚户区改造往往涉及地方政府的政策导向和具体规划。不同地区可能根据当地实际情况，制定不同的补偿安置政策。
   • 有些地方政策可能明确规定了祖遗户在棚户区改造中的权益，包括是否享有产权调换的权利。因此，需查阅当地的具体政策文件，以了解祖遗户在改造中的具体权益。

3. 改造项目具体情况：

   • 棚户区改造项目的具体情况，如改造范围、改造方式、资金来源等，也可能影响祖遗户的权益。
   • 例如，如果改造项目采用整体搬迁、集中安置的方式，且安置房源充足，那么祖遗户可能更容易获得产权调换的机会。反之，如果改造项目资金紧张、安置房源有限，那么祖遗户可能面临更大的挑战。

4. 法律建议：

   • 了解具体政策：首先，建议祖遗户了解当地关于棚户区改造的具体政策文件，特别是与补偿安置相关的部分，以明确自己的权益。
   • 咨询专业人士：如果政策文件表述模糊或存在争议，建议咨询当地律师或相关部门，以获取更准确的法律解释和意见。
   • 保留证据：在改造过程中，祖遗户应保留好与房屋所有权相关的证据材料，如继承证明、赠与协议等，以备不时之需。
   • 协商与诉讼：如果与改造方就补偿安置问题无法达成一致，祖遗户可以通过协商、调解或诉讼等方式维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果祖遗户在棚户区改造中被剥夺了产权调换的权利，且该权利在法律法规或地方政策中有明确规定，那么改造方可能面临法律责任，包括赔偿损失、恢复原状等。
• 反之，如果祖遗户的权益在法律法规或地方政策中并未明确规定，或者改造项目具有特殊性（如资金紧张、安置房源有限等），那么祖遗户可能需要通过协商、调解等方式与改造方达成妥协。

进一步思考：

• 棚户区改造是城市更新和发展的重要环节，涉及众多利益主体的权益平衡。在改造过程中，应充分考虑祖遗户等特殊群体的权益保护问题，确保改造工作的公平、公正和可持续性。
• 同时，祖遗户也应积极了解自己的权益和义务，主动与改造方沟通协商，共同推动改造工作的顺利进行。

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