离婚补充协议两份，双方只签一份，这样的协议在形式上是不完整的，其法律效力会受到一定影响，但并非绝对无效，关键在于协议的实际履行情况及双方的真实意思表示。以下从不同角度为你详细分析：
协议形式与法律效力
形式要件的重要性：
- 离婚补充协议作为双方对离婚相关事宜的进一步约定，应当遵循合同的基本形式要件。一般来说，合同需要双方各执一份，以体现双方的平等地位和协议的公开透明。如果只有一份协议且仅由一方持有，这可能在形式上存在瑕疵，影响协议的证明力。
实际履行情况的影响：
- 尽管协议形式上存在瑕疵，但如果双方已经按照协议内容实际履行了相关义务，如财产分割、子女抚养等，且没有提出异议，那么这份协议在实际操作中可能被视为有效。因为法律更注重实质正义，如果双方已经用实际行动表明了对协议内容的认可，那么形式上的瑕疵可能不会影响协议的法律效力。
双方真实意思表示的确认：
- 协议的法律效力还取决于双方的真实意思表示。如果双方确实就协议内容达成了共识，并且愿意受其约束，那么即使只有一份协议且仅由一方持有，也不能直接否定其法律效力。然而，在这种情况下，如果一方事后反悔或提出异议，另一方可能需要提供其他证据来证明协议的真实性和双方的合意。
特殊情况下的处理
涉及产权变更的情况：
- 如果离婚补充协议涉及房产等不动产或其他需要登记财产的分割或变更，那么仅仅双方签字是不够的。必须到相关的不动产登记部门或相应机构办理产权变更登记手续，否则不发生物权变动的效力。在这种情况下，即使只有一份协议且仅由一方持有，也无法完成产权变更登记，因此协议的实际效力会受到限制。
与原协议冲突的情况：
- 当离婚补充协议的内容与原离婚协议产生冲突时，通常以补充协议为准。但是，如果原离婚协议已经法院判决或调解生效，补充协议内容不得与之相冲突，否则可能被视为无效。在这种情况下，即使只有一份补充协议且仅由一方持有，如果其内容与原生效判决或调解相冲突，那么这份协议也是无效的。
建议与指导
完善协议形式：
- 为了确保离婚补充协议的法律效力，建议双方各执一份协议，并签字或盖章确认。这样不仅可以体现双方的平等地位和协议的公开透明，还可以在发生争议时提供有力的证据支持。
及时办理相关手续：
- 如果协议涉及产权变更等需要办理相关手续的事项，双方应及时到相关部门办理手续，以确保协议的实际效力。
保留证据：
- 无论协议形式如何，双方都应保留好与协议相关的证据，如聊天记录、转账记录等，以证明协议的真实性和双方的合意。
有问题直接向我咨询：
- 离婚补充协议的法律效力问题可能涉及多个方面，如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。