针对您提出的“因上游开石料厂对承包地有隐患怎么办”这一问题，核心结论是您可以通过协商、行政投诉、民事诉讼等途径来维护自身权益，具体需根据隐患类型和严重程度来选择合适的方式。以下是详细分析：

一、明确隐患类型与评估损害

1. 隐患类型：首先，需要明确上游石料厂对承包地造成的具体隐患类型，包括但不限于水土流失、水源污染、土壤污染、噪音污染、粉尘污染以及可能引发的地质灾害（如滑坡、泥石流）等。
2. 损害评估：对承包地当前的损害状况进行评估，包括土地质量下降、农作物减产或绝收、生态环境破坏等，并尽可能收集相关证据，如照片、视频、土壤检测报告、农作物产量记录等。

二、与上游石料厂协商

1. 提出诉求：基于隐患类型和损害评估结果，与上游石料厂进行协商，提出合理的诉求，如要求石料厂采取措施消除隐患、赔偿损失、恢复土地原状等。
2. 协商记录：在协商过程中，注意保留书面或录音等证据，以备后续维权之需。

三、向相关部门投诉

1. 环保部门：如果隐患涉及环境污染（如水源污染、土壤污染、粉尘污染等），可以向当地环保部门投诉，要求环保部门对石料厂进行调查处理。
2. 国土资源部门：如果隐患涉及土地破坏（如水土流失、地质灾害等），可以向当地国土资源部门投诉，要求国土资源部门对石料厂的开采行为进行监管和处罚。
3. 农业部门：如果隐患导致农作物减产或绝收，可以向当地农业部门投诉，寻求农业部门的帮助和支持。

四、提起民事诉讼

1. 诉讼准备：如果协商和投诉均未能解决问题，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求石料厂承担侵权责任，赔偿损失并恢复土地原状。
2. 证据收集：在提起诉讼前，需要充分收集证据，包括隐患类型、损害评估结果、协商记录、投诉记录等，以证明石料厂的侵权行为和您的损失。
3. 法律程序：遵循法律程序，向法院提交起诉状和相关证据，参加庭审等诉讼活动，维护自身合法权益。

五、其他建议

1. 加强监测：在隐患未消除前，加强对承包地的监测和观察，及时发现并处理可能出现的新问题。
2. 寻求专业帮助：在处理此类问题时，可以寻求律师、环保专家、农业专家等专业人士的帮助和支持，提高维权效率和成功率。

在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。