针对您提出的承包地遗留问题，这确实是一个需要综合考虑法律、协商、合同以及尊重习俗等多个方面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答，希望能帮助您更好地理解和解决这类问题。
一、承包土地时占用基本农田种树等遗留问题的解决
明确法律底线：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，禁止在基本农田上发展林果业或挖塘养鱼等行为。这是解决此类问题的法律基础。
确定责任主体：
- 土地承包方若擅自改变用途，需承担直接法律责任。
- 发包方（如村委会）若存在监管失职，可能承担连带责任。
- 政府相关部门负责监督执法，对违法行为进行查处。
采取解决措施：
- 立即停止违法行为：对已种植树木的耕地，必须停止继续种树行为。
- 恢复耕种条件：要求责任方在规定时间内移除树木，恢复土地原状，并通过深耕、施肥等措施恢复地力。
- 依法追责：对拒不整改者，由县级以上自然资源部门处以罚款，构成犯罪的依法追究刑事责任。
- 完善后续管理：建立长效巡查机制，利用技术手段监测土地利用情况，加强政策宣传，提高农民法律意识。
保障农民权益：
- 对因整改导致经济损失的合法种植户，可协商给予适当补偿。
- 鼓励在非基本农田区域发展林果业，引导农民调整种植结构。
- 当事人对行政处罚不服时，可通过行政复议或诉讼维护权益。
二、承包土地中存在坟地问题的解决
明确法律角度：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《殡葬管理条例》的相关规定，禁止占用耕地建窑、建坟等行为。
- 对于非法建造的坟地，政府有权责令限期改正或治理，并可处以罚款；构成犯罪的依法追究刑事责任。
协商与调解：
- 主动与坟地所属家族或相关人员沟通，了解他们的意愿和诉求，尝试达成共识。
- 如需迁移坟地，应确保过程合法合规，并给予适当的时间和经济补偿。
- 向村委会或当地调解组织寻求帮助，利用其公信力和对当地情况的了解，提出合理解决方案。
审查承包合同与调整土地：
- 明确承包合同中关于土地使用和坟地处理的相关约定，若合同未明确，应遵循公序良俗原则。
- 与发包方协商调整承包土地范围，避开坟地所在区域，或对土地使用方式进行适当调整。
尊重习俗与传统：
- 坟地在很多地区具有特殊的文化和情感意义，处理时应充分尊重当地的风俗习惯和文化传统，避免因不当行为引发冲突。
三、综合建议
- 全面了解情况：在处理承包地遗留问题时，首先要全面了解问题的具体情况，包括土地性质、承包合同内容、坟地或种树行为的合法性等。
- 依法依规处理：在处理过程中，要始终遵循法律法规，确保解决方案的合法性和合理性。
- 注重协商调解：在可能的情况下，优先通过协商和调解的方式解决问题，以维护社会和谐稳定。
- 考虑农民权益：在处理过程中，要充分考虑农民的合法权益，给予合理的经济补偿和协助。
希望以上解答能够帮助您更好地理解和解决承包地遗留问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。