若养猪场已立案调查期间又出现新的违反行为，需根据违法性质、情节严重程度及执法主体采取不同处理措施，具体如下：

1. 若新违法行为与原立案行为属于同一执法主体管辖（如环保部门）

   • 合并调查处理：执法部门可将新违法行为与原立案行为合并调查，综合认定违法情节（如违法次数、持续时间、危害后果等）。根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚；但若属于连续或继续状态的违法行为（如长期偷排废水），或新行为与原行为存在牵连关系（如为掩盖原违法行为而伪造证据），可合并处罚。
     
   • 从重处罚情形：若新行为属于“在责令改正期限内拒不改正”“一年内因同类违法行为受过处罚”等情形，执法部门可依据《环境保护法》《畜牧法》等法规，在法定幅度内从重处罚（如提高罚款倍数、责令停产整治等）。
     

2. 若新违法行为涉及不同执法主体（如环保+农业部门）

   • 分别立案查处：不同部门可依据各自职责独立立案调查。例如，环保部门查处水污染行为，农业部门查处动物防疫违规行为，两者互不干扰，但需注意避免重复处罚（如对同一设施的罚款）。
     
   • 联合执法机制：若违法行为涉及多领域交叉（如养殖废弃物污染同时违反环保和农业法规），部门间可启动联合执法，共享证据、协同处罚，提升执法效率。
     

3. 若新违法行为涉嫌犯罪（如污染环境罪、非法占用农用地罪）

   • 刑事移送优先：根据《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，行政机关在调查中发现违法行为涉嫌犯罪的，应立即移送公安机关，原行政案件终止，但可附证据材料协助刑事侦查。
     
   • “行刑衔接”处理：若刑事判决未涵盖全部违法行为（如仅追究污染环境罪，未处理动物防疫违规），行政机关可在刑事程序结束后，对剩余违法行为继续行政处罚。
     

实务建议：

• 养猪场角度：立即停止新违法行为，主动配合调查，积极整改（如安装污染处理设备、完善防疫制度），争取从轻或减轻处罚；若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  
• 执法部门角度：严格履行调查程序（如现场检查、采样监测、询问笔录），固定证据链；处罚前告知当事人陈述申辩权，避免程序违法导致处罚被撤销。
  

如有具体案件细节（如违法类型、处罚主体等），可进一步向我咨询，我会结合法规与案例为您详细分析。