针对您提出的“非法营运两年后车辆单车事故保险公司是否理赔”的问题，这确实是一个涉及保险合同、法律法规以及事故具体情况的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、交强险的理赔情况
交强险，作为法定强制保险，其核心目的是保障交通事故受害人的合法权益。在非法营运车辆发生单车事故的情况下，交强险通常仍会对第三方受害人进行赔偿（若事故中涉及第三方受害人）。这是因为交强险的赔偿并不完全取决于车辆是否处于合法营运状态，而是基于事故本身是否造成了第三方的人身伤亡或财产损失。然而，若事故仅涉及车辆自身损失，且未造成第三方损害，则交强险不会对此进行赔偿。
但需注意，若驾驶人存在未取得驾驶资格、醉酒驾驶等特定违法情形，保险公司在垫付抢救费用后有权追偿。虽然非法营运本身并非法定追偿情形，但若其与事故发生存在密切关联（如导致疲劳驾驶、超速超载等），保险公司可能在实际理赔后主张追偿。
二、商业险的理赔情况
与交强险不同，商业险的理赔则更多依赖于保险合同的约定。在大多数商业保险合同中，“从事非法营运活动”通常被列为免责事由。这是因为非法营运增加了车辆的运行风险，违背了保险合同基于车辆非营运性质进行的风险评估和约定。
合同约定免责：若保险合同中明确约定了非法营运为免责范围，并且保险公司已履行了对投保人的明确说明和提示义务（如要求投保人签字确认知悉免责条款），那么在非法营运发生事故时，保险公司有权拒绝赔偿。
未履行说明义务：反之，若保险公司未履行该义务，即未对免责条款进行充分说明或提示，那么该免责条款可能被视为无效，保险公司仍需承担赔偿责任。但这种情况在司法实践中较为少见，因为保险公司通常会严格履行其说明义务。
三、特殊情况与司法判定
在司法实践中，对于非法营运车辆发生事故后的保险理赔问题，可能会因具体案件的情况而存在争议。例如：
事故调查与责任认定：保险公司会对事故进行调查，以确定是否存在免责情形。同时，非法营运车辆的责任认定还需考虑法律层面规定，如车辆实际支配人及侵权人的责任、驾驶人违规驾驶的责任等。
证据充分性：若车主能提供充分证据证明车辆在事故发生时并非用于非法营运活动（如行车记录、证人证言等），则可能影响保险公司的理赔决定。
司法判定：法院在判决时会综合考虑案件的具体事实、证据以及保险合同的具体条款等因素。若保险公司未能尽到明确告知义务，或车主能提供充分反证，法院可能会判决保险公司承担赔偿责任。
四、建议与警示
合规运营：为避免纠纷和损失，车主和驾驶者应严格遵守交通法规，不从事非法营运活动。
仔细阅读合同：在投保时，车主应仔细阅读保险合同条款，了解保险责任范围和免责事由，特别是关于非法营运的免责条款。
及时报案与配合调查：在事故发生后，车主应及时通知保险公司并配合其进行事故调查，以提供必要的证据和信息。
综上所述，非法营运两年后车辆单车事故保险公司是否理赔，需根据保险类型、合同约定以及事故具体情况综合判断。车主应增强法律意识，合规运营，并在投保时仔细阅读合同条款，以确保自身权益得到有效保障。