公司内部有纠纷并不必然阻碍三旧改造的进行，但纠纷的存在可能增加改造的复杂性和风险，需根据纠纷类型和具体情况采取相应处理措施。以下从不同角度进行分析：

1. 纠纷类型与影响分析

   • 产权纠纷：若纠纷涉及土地或房产的权属争议，需先通过法律程序确认产权归属。例如，股东之间对土地使用权存在争议，需通过诉讼或仲裁明确权利人，否则可能因权属不清导致改造项目无法通过审批。
   • 合同纠纷：如改造过程中存在合作开发合同、拆迁补偿协议等纠纷，需先解决合同履行问题。例如，合作方未按约定出资导致项目停滞，可通过协商、调解或诉讼要求继续履行或赔偿损失。
   • 股东纠纷：若纠纷源于公司治理结构问题（如股权争夺、决策僵局），需先通过公司章程或《公司法》规定的程序解决。例如，召开股东会形成有效决议，或通过司法解散公司等方式终结纠纷。

2. 纠纷处理与三旧改造的协调

   • 协商调解优先：在纠纷初期，建议通过内部协商或第三方调解（如行业协会、人民调解委员会）达成和解，避免诉讼程序拖延改造进度。例如，股东之间可签订补充协议明确改造分工和利益分配。
   • 法律程序同步推进：若协商无果，需及时启动诉讼或仲裁程序。例如，向法院申请确认产权或解除合同，同时可向政府申请将改造项目纳入“绿色通道”，说明纠纷不影响公共利益，争取先行推进部分审批。
   • 风险隔离措施：在纠纷解决前，可通过设立专项账户、购买责任保险等方式隔离风险。例如，将拆迁补偿款存入第三方监管账户，确保资金安全。

3. 三旧改造的特殊程序要求

   • 政策合规性：三旧改造需符合地方政策（如《广东省旧城镇旧厂房旧村庄改造管理办法》），纠纷可能影响政策适用性。例如，若改造主体存在重大违法记录，可能被排除在改造范围外。
   • 公众参与程序：部分地区要求改造方案需经村民会议或职工代表大会表决通过，内部纠纷可能导致表决无法形成有效决议。此时需通过法律途径确认表决程序合法性，或调整改造方案。

4. 实务建议

   • 前期尽职调查：在启动改造前，全面梳理公司内部纠纷（如未决诉讼、股东协议争议），评估对改造的影响，并制定预案。
   • 动态调整策略：根据纠纷解决进度灵活调整改造计划。例如，若产权纠纷短期内无法解决，可优先推进其他无争议地块的改造。
   • 政府沟通机制：主动向规划、国土等部门报备纠纷情况，争取政策支持。例如，申请分阶段审批改造方案，降低纠纷对整体进度的影响。

若公司内部纠纷已严重影响三旧改造，建议立即委托律师介入，通过法律手段固定证据、推动纠纷解决，并协调政府、合作方等多方利益，最大限度降低损失。如有具体纠纷场景或合同文本，可进一步向我提供细节，我将结合地方政策给出针对性方案。