关于技术协议是否可以盖技术部门章的问题，这主要取决于技术协议的具体用途以及相关机构或组织的要求。

首先，从技术协议本身来看，它通常是用于明确技术合作、技术开发、技术转让或技术服务等双方的权利和义务的书面文件。在签署技术协议时，为了确保其法律效力和正式性，通常会使用公司或组织的公章。然而，在某些情况下，如果技术部门被授权代表公司或组织签署技术协议，并且相关机构或组织接受技术部门章作为有效签署，那么技术部门章也是可以被使用的。

但更重要的是，我们需要考虑技术协议在后续流程中的使用情况，特别是如果涉及到技术合同认定登记等环节。根据我所了解的信息，技术合同认定登记通常要求合同文本具有明确的主体、标的、条款和费用等，并且需要加盖公司或组织的公章以及法人签名（或授权代表签名）和签署日期。这是为了确保合同的正式性、合法性和有效性。

具体建议：

1. 查阅相关规定：首先，建议您查阅所在地区或相关机构关于技术合同认定登记的具体规定和要求，以了解是否接受技术部门章作为有效签署。

2. 咨询相关部门：如果您不确定技术部门章是否被接受，可以直接咨询负责技术合同认定登记的机构或组织，以获取准确的答复。

3. 使用公章：为了确保技术协议的法律效力和正式性，以及避免后续流程中的麻烦，建议您在签署技术协议时使用公司或组织的公章，并确保有法人签名（或授权代表签名）和签署日期。

4. 保留授权文件：如果技术部门被授权代表公司或组织签署技术协议，请确保保留相关的授权文件，以备后续需要时提供证明。

综上所述，虽然技术部门章在某些情况下可能被接受作为技术协议的有效签署，但为了确保其法律效力和正式性，以及避免后续流程中的麻烦，建议您在签署技术协议时使用公司或组织的公章。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。