员工在公司于吸烟区实施禁烟措施时，可主张的权利主要包括以下方面：

1. 知情权与协商权
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如禁烟政策）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见后与工会或职工代表平等协商确定。若公司未履行民主程序单方面宣布禁烟，员工可要求公司说明政策依据，并主张参与协商的权利。

2. 健康权与安全权
   若公司原吸烟区存在通风不良、消防隐患等问题，禁烟可能涉及员工健康权保护（《民法典》第一千零四条）。但若公司仅以“全面禁烟”为由关闭合规吸烟区，员工可主张公司未提供合理替代方案（如增设户外吸烟点），侵犯其基本生活需求，要求公司调整政策或提供补偿。

3. 隐私权与人格权
   若公司通过监控、搜身等手段强制执行禁烟政策，可能侵犯员工隐私权（《民法典》第一千零三十二条）。员工有权拒绝不合理检查，并可要求公司停止侵权行为、消除影响或赔偿损失。

4. 劳动条件改善请求权
   若禁烟政策导致员工需长时间忍耐烟瘾（如户外作业人员无合理吸烟时间），可能构成劳动条件恶化。员工可依据《劳动合同法》第三十八条，以“未按照劳动合同约定提供劳动条件”为由，要求公司改善或解除劳动合同并主张经济补偿。

5. 工会介入权
   根据《工会法》第二十二条，工会有权代表员工就劳动条件、劳动报酬等问题与公司协商。若员工认为禁烟政策不合理，可请求工会介入调查，并通过集体协商机制推动政策调整。

行动建议：

• 员工应首先通过内部渠道（如HR、工会）了解禁烟政策的具体依据及协商空间；
  
• 若公司拒绝协商或政策明显不合理，可收集证据（如政策文件、监控记录、同事证言）向劳动监察部门投诉；
  
• 涉及人格权侵权时，可直接向法院起诉要求停止侵害并赔偿。
  

注意事项：

• 若公司禁烟政策符合地方性法规（如《XX市公共场所控制吸烟条例》）且履行了民主程序，员工需遵守；
  
• 主张权利时应避免采取过激行为（如在禁烟区吸烟抗争），否则可能构成违纪被公司处理。
  

如有具体案例细节，可进一步向我咨询。