当公司已经申请破产时，员工可以通过以下方式处理相关事宜：

1. 及时了解破产程序进展：员工应主动向公司管理人（通常由法院指定的破产管理人或清算组担任）了解破产清算或重整的具体进展，包括资产处置、债务清偿计划等。这有助于员工明确自身权益的保障情况。

2. 申报债权：

   • 债权范围：员工对公司的债权主要包括未支付的工资、经济补偿金、加班费、社会保险费用等。
   • 申报流程：员工需在法院规定的债权申报期限内，向管理人提交债权申报材料，包括劳动合同、工资单、解除劳动合同证明等，以证明自身债权的存在和金额。
   • 注意事项：逾期未申报的债权，在破产程序中可能无法得到清偿，因此员工务必关注申报期限，及时申报。

3. 关注清偿顺序：

   • 优先清偿：根据《企业破产法》的规定，员工工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等，属于优先清偿的债权范围。
   • 清偿顺序：在破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的时，按照比例分配。员工应了解自身债权在清偿顺序中的位置，以评估可能获得的清偿比例。

4. 参与债权人会议：

   • 会议权利：员工作为债权人，有权参加债权人会议，对破产程序中的重大事项行使表决权，如破产财产的分配方案、重整计划等。
   • 会议作用：通过参与债权人会议，员工可以了解破产程序的进展情况，表达自身诉求，维护自身权益。

5. 寻求法律援助：

   • 专业咨询：如果员工对破产程序、债权申报、清偿顺序等方面存在疑问或困惑，可以寻求专业律师的法律援助，以获取更详细、更专业的解答。
   • 法律维权：在破产程序中，如果员工的权益受到侵害，如管理人未依法履行职责、破产财产分配不公等，员工可以通过法律途径维护自身权益。

6. 关注后续就业问题：

   • 就业援助：公司破产后，员工可能面临失业问题。员工可以关注当地政府或相关部门提供的就业援助政策，如职业培训、就业推荐等，以帮助自身尽快重新就业。
   • 自主创业：对于有创业意愿和能力的员工，可以考虑自主创业，利用自身技能和经验开展新的业务。