《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条与《土地管理法》第七十八条的主要区别在于立法目的、适用对象、执法主体以及法律后果的不同。以下是对这两条法律条款的详细对比分析：
一、立法目的与适用对象
《城乡规划法》第六十五条：
- 立法目的：该条款旨在维护城乡规划的严肃性和权威性，确保城乡建设活动按照规划进行，促进城乡协调发展。
- 适用对象：主要针对在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的行为。这些行为通常涉及农村地区的居民自建房、小型商业设施等。
《土地管理法》第七十八条：
- 立法目的：该条款旨在保护农村土地资源，防止非法占用农用地进行非农业建设，确保土地资源的合理利用和可持续发展。
- 适用对象：主要针对农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为。这些行为直接涉及农村土地的非法占用和滥用。
二、执法主体与程序
《城乡规划法》第六十五条：
- 执法主体：由乡、镇人民政府负责查处。乡、镇人民政府作为基层政府，对辖区内的城乡建设活动具有直接的监管职责。
- 执法程序：乡、镇人民政府在发现违法行为后，有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。这一程序相对直接，强调了对违法行为的及时制止和纠正。
《土地管理法》第七十八条：
- 执法主体：由县级以上人民政府土地行政主管部门负责查处。这些部门具有更高的行政级别和更广泛的监管职责，能够处理更复杂的土地违法案件。
- 执法程序：土地行政主管部门在发现违法行为后，会进行调查取证，并根据违法情节的轻重，作出责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋等行政处罚决定。这一程序相对复杂，强调了对违法行为的全面调查和依法处理。
三、法律后果与责任
《城乡规划法》第六十五条：
- 法律后果：对于违法行为，乡、镇人民政府可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。这一后果主要针对违法建设行为本身，旨在恢复规划秩序。
- 责任承担：违法行为人需要承担拆除违法建筑、恢复原状等责任，并可能面临罚款等行政处罚。
《土地管理法》第七十八条：
- 法律后果：对于违法行为，土地行政主管部门可以责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这一后果不仅针对违法建设行为，还涉及对非法占用土地的恢复和退还。
- 责任承担：违法行为人需要承担退还土地、拆除房屋等责任，并可能面临更严厉的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。在严重情况下，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
四、实际应用中的注意事项
- 在处理农村地区的违法建设问题时，需要仔细区分是违反了城乡规划还是非法占用了土地。不同的违法行为将适用不同的法律条款和执法程序。
- 对于涉及农村土地的案件，应特别注意保护农民的合法权益，避免过度执法或执法不当对农民造成不必要的损失。
- 在执法过程中，应严格遵守法定程序，确保执法行为的合法性和有效性。同时，也应注重与当事人的沟通和协商，争取通过和解等方式解决纠纷。
总结来说，《城乡规划法》第六十五条与《土地管理法》第七十八条在立法目的、适用对象、执法主体以及法律后果等方面均存在显著差异。在实际应用中，需要根据具体情况选择合适的法律条款进行执法和处理。如果您在农村土地或宅基地方面遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。