未取得施工许可证擅自施工的，将面临行政处罚、停工整改、合同效力风险及可能的民事赔偿责任，具体后果如下：

1. 行政处罚
   根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条及《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上住建部门责令停止施工，限期改正，并对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款，对施工单位处3万元以下罚款。若逾期未改正，可能面临更高额罚款（如工程合同价款2%-4%）。

2. 停工整改要求
   行政机关会下达《停工通知书》，要求立即停止施工。若拒不停工，可能被采取强制措施（如查封施工场地、扣押施工设备），甚至被纳入建筑市场“黑名单”，影响企业资质和后续项目投标。

3. 合同效力风险
   根据《民法典》第一百五十三条，违反法律强制性规定的合同可能被认定无效。若施工合同因未办许可证被认定无效，双方需按过错比例返还财产或赔偿损失（如建设单位已支付工程款，可能需追回；施工单位已投入成本，可能难以全额索赔）。

4. 民事赔偿责任
   若因无证施工导致安全事故、质量缺陷或第三方损害（如周边房屋开裂），建设单位和施工单位需承担连带赔偿责任。例如，若施工坍塌造成人员伤亡，除行政处罚外，还需赔偿医疗费、丧葬费等，甚至可能涉及刑事责任（如重大责任事故罪）。

特殊情形说明：

• 抢险救灾工程：根据《建筑法》第八条，因抢险救灾等紧急需要开工的工程，可事后补办许可证，但需在开工后一定期限内（如15日）向行政机关报告。
  
• 小额工程豁免：部分地区对工程投资额在30万元以下或建筑面积在300平方米以下的建筑工程，可能豁免施工许可要求，但需以地方性法规为准。

建议行动：
若已发生无证施工，应立即停止施工，向当地住建部门申请补办许可证，并配合调查整改。若面临处罚或纠纷，可提供合同、施工记录等证据，主张从轻或免除责任（如未造成危害后果、主动消除影响等）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。