结论：挪用公司公款100万自首后，案件将由公安机关立案侦查，并最终由检察院向法院提起公诉，而非个人直接去某个机构“起诉”。

详细解释：

1. 案件性质与立案侦查：

   • 挪用公司公款属于刑事犯罪，具体可能涉及挪用资金罪或职务侵占罪（具体取决于款项性质、挪用目的及是否归还等因素）。
   • 自首后，案件将由公安机关负责立案侦查，收集证据，查明事实。

2. 检察院的公诉角色：

   • 公安机关侦查终结后，会将案件移送至检察院审查起诉。
   • 检察院在审查后，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分的，会向法院提起公诉。

3. 法院的审判角色：

   • 法院作为审判机关，将负责审理案件，并根据事实和法律作出判决。
   • 被告人（即挪用公款者）有权在法庭上为自己辩护，也可以委托律师进行辩护。

4. 自首的法律意义：

   • 自首是法定的从轻或减轻处罚情节。根据《刑法》的相关规定，犯罪嫌疑人自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。

5. 后续行动建议：

   • 既然已经决定自首，建议尽快与公安机关联系，说明情况，并配合调查。
   • 同时，可以考虑委托一位专业律师，如我这样的专注于取保候审、律师会见领域的律师，来协助处理案件，包括提供法律咨询、代理申诉、辩护等。

特别提醒：

• 挪用公款是严重的违法行为，不仅会对个人职业生涯造成毁灭性打击，还可能面临严厉的刑事处罚。因此，务必认真对待，积极配合调查，并寻求专业法律帮助。
• 如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。