核心结论：若公司不认可电子版无犯罪证明，可尝试与公司沟通解释其法律效力，或通过官方渠道验证证明真实性，必要时可寻求法律途径维护自身权益。以下是具体分析和建议：

1. 了解电子版无犯罪证明的法律效力
   根据我国相关法律法规，电子版无犯罪证明与纸质版具有同等法律效力，前提是该电子证明由公安机关或其指定机构出具，且具备电子签名、时间戳等防伪技术。若您的电子版证明符合这些条件，公司无权单方面否认其有效性。

2. 与公司沟通解释
   首先，建议您与公司人力资源部门或相关负责人沟通，明确说明电子版无犯罪证明的法律地位，并提供相关法律依据（如《电子签名法》《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》等）。若公司仍存疑虑，可建议其通过公安机关官方渠道（如官网、电话）核实证明真实性。

3. 通过官方渠道验证证明真实性
   若公司坚持要求纸质版证明，您可联系出具电子证明的公安机关，申请补发纸质版或获取加盖公章的验证说明。部分地区支持通过政务服务平台在线验证电子证明真伪，您可协助公司操作验证流程。

4. 保留证据，必要时维权
   若公司以不认可电子证明为由拒绝录用或解除劳动合同，您需保留电子证明、沟通记录等证据，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司行为违法。根据《就业促进法》，用人单位不得以不合理条件限制劳动者就业，否则需承担法律责任。

温馨提示：不同地区对电子证明的接受程度可能存在差异，建议您提前了解当地政策。若需进一步协助，可直接向我咨询具体操作流程或法律条文解读。