局长被抓后，其在位期间的违法行政行为将依法受到全面审查与处理，具体处理方式需根据行为性质、后果及法律规定综合判定。以下从不同角度展开分析：

1. 违法行政行为的效力问题

• 原则上不因个人被抓而自动无效：行政行为的效力取决于其是否符合法定程序和实体要求，而非执行者个人状态。若局长在位时作出的行政行为（如行政处罚、许可、强制措施等）本身违法（如超越职权、程序违法、证据不足等），即使局长被抓，该行为仍可能因违法而被撤销或确认无效。
• 例外情形：若行政行为严重违法（如以欺骗、胁迫手段作出，或明显损害公共利益），可能被直接认定为无效，无需等待后续程序。

2. 后续处理程序

• 行政复议或诉讼：受该行政行为影响的公民、法人或其他组织可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或确认违法。复议机关或法院将审查行为的合法性，若认定违法，会作出撤销、变更或确认无效的判决。
• 内部监督程序：上级行政机关或监察机关可依职权启动调查，对违法行政行为进行纠正。例如，若局长存在滥用职权、玩忽职守等行为，其上级部门或纪委监委可责令改正，或直接撤销违法决定。
• 国家赔偿：若违法行政行为造成公民、法人或其他组织合法权益损害，受害人可依法申请国家赔偿。赔偿义务机关为作出违法行为的行政机关（即局长所在单位），赔偿费用由财政承担。

3. 对局长个人的责任追究

• 刑事责任：若局长被抓涉及职务犯罪（如贪污、受贿、滥用职权等），其违法行政行为可能作为犯罪事实的一部分被追究刑事责任。例如，滥用职权罪要求行为人故意逾越职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失。
• 行政责任：即使局长未被追究刑事责任，仍可能因违法行政行为受到行政处分（如警告、记过、降级、撤职、开除等），具体由任免机关或监察机关决定。
• 民事责任：若局长在违法行政行为中存在个人过错（如与相对人恶意串通），可能需承担连带赔偿责任，但此类情形较为罕见。

4. 对行政相对人的影响

• 权利救济：行政相对人可通过复议、诉讼或申诉等途径维护权益，要求撤销违法行政行为或获得赔偿。
• 执行问题：若违法行政行为已执行（如罚款已缴纳、许可证被吊销），相对人可申请返还财产、恢复原状或补偿损失。例如，若罚款因行政行为违法被撤销，行政机关应退还罚款及利息。

5. 对行政机关的整改要求

• 制度完善：行政机关需针对违法行政行为暴露的问题完善内部监督机制，例如加强法制审核、规范自由裁量权、强化执法人员培训等。
• 公开通报：对典型违法案例，行政机关可能需公开通报处理结果，以起到警示作用。

总结：局长被抓后，其违法行政行为的处理需通过法律程序（复议、诉讼、内部监督）判定效力，并追究个人责任（刑事、行政、民事）。行政相对人应积极行使救济权利，行政机关则需整改制度漏洞。具体案件需结合行为性质、证据及法律规定综合分析，建议根据实际情况进一步咨询。