结论：公司资金回流到个人账户后再写借条作为借款，这种做法存在较大法律风险和不确定性，能否被认定为合法有效的借款关系需分情况讨论。

1. 资金回流性质与用途

   • 若公司资金回流到个人账户本身存在违规或违法行为（如逃避税务、抽逃出资、挪用资金等），即便后续补写借条，也难以掩盖资金往来的非法性质。此时，借条可能因基础法律关系违法而被认定为无效，相关人员还可能面临行政处罚或刑事责任。
   • 若资金回流是因公司经营需要（如临时周转、代垫款项等），且资金用途合法，补写借条可能有助于明确资金性质，但需满足其他条件才能被认定为有效借款。

2. 借条的合法性与有效性

   • 借条作为证明借款关系的书面凭证，需满足《民法典》关于借款合同的规定，包括双方真实意思表示、借款金额明确、还款期限和方式清晰等。若借条内容完整、形式合法，且资金往来与借条记载一致，可能被认定为有效。
   • 但若借条是在资金回流后补写，且无法证明双方在资金回流时即存在借款合意（如无前期沟通记录、转账备注不明确等），可能被认定为“事后补签”，此时借条的证明力会受到质疑，甚至可能被认定为虚假诉讼。

3. 税务与财务合规性

   • 公司资金回流到个人账户可能涉及税务问题（如未申报收入、偷逃税款等），补写借条并不能解决税务合规问题。若税务机关认定资金往来为收入而非借款，公司可能面临补缴税款、滞纳金和罚款等风险。
   • 从财务角度，公司资金与个人账户混同可能破坏公司财务独立性，损害债权人利益，甚至可能被认定为“法人人格否认”的情形，导致股东对公司债务承担连带责任。

4. 建议与风险防范

   • 避免资金混同：公司应严格区分公司资金与个人资金，避免资金回流到个人账户。若确需临时周转，应签订书面借款协议，明确借款用途、金额、期限和利息等，并通过公司账户完成资金往来。
   • 补救措施：若资金已回流到个人账户，建议立即停止此类操作，并尽快将资金归还公司或通过合法途径（如分红、薪酬等）处理。若需补写借条，应确保借条内容真实、完整，并保留资金往来的相关证据（如转账记录、沟通记录等）。
   • 法律咨询：若涉及大额资金或复杂法律关系，建议及时咨询专业律师，评估法律风险并制定合规方案。

总结：公司资金回流到个人账户后再写借条作为借款，存在较大法律风险和不确定性。建议公司严格遵守财务和税务规定，避免资金混同，并在涉及资金往来时签订书面协议、保留相关证据。如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询。