核心结论：若借用他人车辆发生非法经营罪导致车辆被扣，处理方式需分情况讨论，主要涉及配合调查、车辆取回、法律责任承担等方面。以下是具体分析：

1. 配合调查阶段
   车辆被扣通常是公安机关为调查非法经营罪采取的强制措施。此时，车主和借用人均需配合调查，包括提供车辆使用情况、借用人身份信息、经营行为细节等。若借用人是直接实施非法经营的行为人，需如实陈述事实；若车主对非法经营不知情，需提供证据证明自身无过错（如借车时未参与经营、未收取利益等）。

2. 车辆取回问题

   • 若车辆与犯罪无关：若公安机关确认车辆仅作为交通工具使用，未直接参与非法经营（如未装载违禁品、未用于运输非法货物），且车主无过错，通常在调查结束后会返还车辆。
     
   • 若车辆被认定为作案工具：根据《刑法》第六十四条，若车辆被用于实施犯罪（如运输非法经营的物品），可能被依法没收。此时需结合案件细节争取权益：
     
     • 证明车辆实际用途与犯罪无关（如借车时未告知用途、车辆未实际参与经营）；
       
     • 主张车主对非法经营不知情，且未从中获利，要求返还或赔偿。

3. 法律责任承担

   • 借用人责任：若借用人是非法经营的实施者，需承担刑事责任（如罚金、拘役或有期徒刑），并可能被追缴违法所得。
     
   • 车主责任：若车主明知借用人用于非法经营仍出借车辆，可能构成共同犯罪或帮助犯，需承担相应刑事责任；若车主无过错，则无需承担刑事责任，但需配合处理车辆扣押事宜。

4. 后续处理建议

   • 及时沟通：与公安机关保持联系，了解车辆扣押原因、调查进度及取回条件。
     
   • 收集证据：保留借车协议、聊天记录、证人证言等，证明车主对非法经营不知情或未参与。
     
   • 法律程序：若对车辆处理有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护合法权益。

总结：车辆被扣后，需根据案件具体情况配合调查，区分车辆是否与犯罪直接相关，并明确车主与借用人的责任边界。建议尽快咨询专业律师，制定针对性应对策略，避免权益受损。