您好，关于公司检查部门是否能恢复员工删除的聊天记录这一问题，这主要涉及到个人信息保护和用工管理权的平衡。

首先，我们要明确的是，员工的聊天记录，尤其是私人聊天记录，属于其个人信息范畴，受到法律的保护。在未经员工充分知情并自愿、明确同意的情况下，公司擅自恢复并采集这些已删除的聊天记录，是构成对员工个人信息的不当使用的，也违背了个人信息保护的核心要旨。

从法律角度来看，依据《个人信息保护法》的相关规定，处理个人信息应当具有明确、合理的目的，并应当与处理目的直接相关，同时采取对个人权益影响最小的方式。在劳动关系中，虽然公司基于用工管理权可以对员工的一些必要信息进行收集处理，但这种收集处理行为必须是在员工知情同意的基础上进行，且不能超越用工管理的必要范围。

以实际案例来说，曾有公司擅自恢复员工已删除的微信聊天记录，并以此作为员工违纪的证据。但在法院审理中，由于公司未能说明证据来源的合法性，且该行为构成了对员工个人信息的不当使用，因此法院并未采信这些证据。

所以，针对您的问题，一般情况下，公司检查部门不能擅自恢复员工删除的聊天记录。如果公司确实需要获取员工的某些信息以进行用工管理，应当在员工充分知情并自愿、明确同意的前提下进行，且要确保信息的收集处理行为符合法律法规的规定，不超越用工管理的必要范围，并采取对员工权益影响最小的方式。

希望这个解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。