在处理涉及丈夫出轨且有两个孩子的离婚案件时，关于孩子抚养权的判决，法院会秉持一个核心原则，即确保孩子的身心健康和合法权益得到最大保障。以下是对这一问题的详细解答：

一、判决原则

法院在判决孩子抚养权时，会依据“有利于子女身心健康、保障子女合法权益”的原则进行。这意味着，法院会全面考量父母的抚养能力、抚养条件、与孩子的感情联系以及品德行为等多方面因素，以做出最符合孩子利益的判决。

二、具体考量因素

1. 协商一致的情况：

   • 如果男女双方能够就两个孩子的抚养权归属、抚养费支付等问题达成一致意见，法院通常会尊重双方的约定，并在离婚判决书中予以确认。

2. 无法协商一致的情况：

   • 不满两周岁的子女：原则上由母亲直接抚养，除非母亲存在不利于抚养孩子的情形，如患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病。
   • 已满两周岁的子女：法院会根据最有利于未成年子女的原则进行判决，具体考虑：
     • 抚养能力：包括双方的经济收入、稳定住所和工作稳定性等。
     • 抚养意愿：哪一方更积极主张抚养，并有足够的时间和精力陪伴孩子。
     • 生活环境：维持孩子生活环境的稳定对其成长至关重要。
     • 品德和行为：丈夫的出轨行为可能被视为品德方面的问题，这会影响他在抚养权判决中的优势。
   • 已满八周岁的子女：法院会尊重其真实意愿，通过谈话等方式了解孩子的选择。

3. 常见的判决结果：

   • 一方抚养一个孩子：这种安排旨在让孩子都能得到父母双方的关爱和照顾，同时平衡双方的抚养负担。
   • 两个孩子都归一方抚养：可能发生在另一方存在严重过错或无法履行抚养义务的情况下，如一方患有严重疾病、有不良嗜好或无抚养能力等。此外，如果一方能提供更优越的抚养条件，且孩子也愿意跟随其生活，也可能获得两个孩子的抚养权。
   • 特殊情况：针对孩子有特殊需求或父母双方都有严重抚养问题的情况，法院可能会作出其他特殊的抚养安排。

三、出轨行为的影响

出轨行为虽然可能对法院的判决产生一定影响，但它并非决定性因素。法院更关注的是如何确保孩子的最佳利益和健康成长，因此会全面考虑各种因素，包括父母的抚养能力、与孩子的感情联系等。

四、建议

离婚和抚养权判决是复杂的法律问题，涉及大量的法律规定和司法实践。因此，在处理此类问题时，我建议您咨询专业的律师或法律顾问。他们能够根据您的具体情况，提供更具体、更准确的法律建议和帮助，确保您的权益得到充分保护。

综上所述，法院在判决两个孩子抚养权时，会综合考虑多种因素，以确保孩子的身心健康和合法权益得到最大保障。出轨行为虽可能影响判决，但并非决定性因素。在实际操作中，寻求专业法律建议是至关重要的。