标的2000000的建工合同，双方达成还款协议后，是可以申请司法确认的。以下从多个角度为你详细分析：

一、司法确认的法律依据

根据《中华人民共和国人民调解法》第三十三条：“经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认，人民法院应当及时对调解协议进行审查，依法确认调解协议的效力”。虽然该条款直接提及的是人民调解委员会调解达成的协议，但司法确认的原则同样适用于其他类型的调解协议，包括双方自行协商达成的还款协议（在符合一定条件下，如通过相关调解组织或法院特邀调解员主持调解达成，或直接向法院申请确认等，具体依据当地法院实践及规定）。此外，对于双方自愿达成的还款协议，若希望赋予其强制执行力，司法确认是一种有效途径。

二、司法确认的流程与要点

1. 协议内容合法：还款协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。这是司法确认的前提条件。

2. 双方自愿：还款协议必须是双方自愿达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。这是确保协议有效性的基础。

3. 申请司法确认：双方可以共同向有管辖权的人民法院申请司法确认。申请时，应提交还款协议、双方身份证明等相关材料。

4. 法院审查：法院将对还款协议进行审查，确认其是否合法有效。审查过程中，法院可能会要求双方补充材料或进行说明。

5. 确认效力：若法院认为还款协议合法有效，将出具司法确认裁定书，赋予该协议强制执行力。这意味着，若一方不履行协议，另一方可以直接向法院申请强制执行。

三、司法确认的优势

1. 增强执行力：通过司法确认，还款协议获得了法院的强制执行力，有效保障了债权人的权益。

2. 节省诉讼成本：相比诉讼程序，司法确认程序更为简便快捷，且成本较低。

3. 维护双方关系：司法确认是在双方自愿的基础上进行的，有助于维护双方的良好关系，避免诉讼带来的对立情绪。

四、注意事项

1. 及时申请：双方应在还款协议达成后尽快申请司法确认，以免因时间拖延导致协议效力受到质疑。

2. 准备充分材料：申请司法确认时，应准备充分的材料以证明协议的合法性和有效性。

3. 遵守法院程序：在司法确认过程中，双方应遵守法院的程序要求，积极配合法院的审查工作。

总结与建议：标的2000000的建工合同双方达成还款协议后，可以申请司法确认以增强协议的执行力。在申请过程中，应确保协议内容合法、双方自愿，并准备充分的材料以证明协议的合法性和有效性。若你对司法确认的具体流程或所需材料有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的解答。