针对两家合住院子被另一方侵占的情况，可按照以下步骤处理：

1. 确认权属与侵占事实
   首先需明确院子的权属状态：若双方共同拥有产权（如共有土地使用权或房屋所有权），需通过房产证、土地证、共有协议等书面文件确认各自份额；若仅一方拥有产权但允许另一方使用，则需核查当初的口头或书面约定（如租赁合同、借用协议）。
   关键点：若对方行为超出约定范围（如擅自扩建、长期独占使用），即构成侵占；若无明确约定，则需结合当地习俗、实际使用情况等综合判断。

2. 协商解决
   建议优先通过友好协商明确使用边界，例如签订书面协议约定各自使用区域、时间、维护责任等。协商时可邀请居委会、村委会或第三方调解机构介入，以增强协议的执行力。
   示例：若一方长期占用院子堆放杂物，可协商划分清洁区，并约定定期清理义务。

3. 行政投诉或调解
   若协商无果，可向当地自然资源部门（土地纠纷）或房管部门（房屋纠纷）投诉，要求行政机关介入调查并出具处理意见。同时，可申请人民调解委员会免费调解，调解协议经司法确认后具有强制执行力。
   注意：行政投诉需提供权属证明、侵占证据（如照片、视频、证人证言）等材料。

4. 民事诉讼
   若对方拒不改正，可向法院提起物权保护纠纷或共有物分割纠纷之诉，要求停止侵害、排除妨碍、返还财产或赔偿损失。

   • 物权保护纠纷：适用于一方独占共有院子或侵犯他人专有部分的情况；
     
   • 共有物分割纠纷：适用于双方对共有院子使用方式无法达成一致，可请求法院分割共有物（如划分独立区域）或拍卖变卖后分割价款。
     证据清单：权属证书、侵占行为证据、协商记录、损失证明（如维修费用、租金损失）等。

5. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若院子权属存在历史争议（如祖产未分割），需先通过行政确权或继承诉讼明确权属，再处理侵占问题；
     
   • 相邻权纠纷：若对方行为影响通风、采光、排水等相邻权利，可单独提起相邻权诉讼，要求排除妨碍。

行动建议：

1. 立即收集权属证明、侵占证据（如录像、证人联系方式）；
   
2. 书面催告对方停止侵占（留存送达凭证）；
   
3. 根据纠纷性质选择协商、调解或诉讼，必要时委托律师起草法律文书或代理诉讼。
   

如有进一步细节（如权属类型、侵占方式等），可随时补充说明，我会为您定制更具体的解决方案。