代理系购协议（这里假设您指的是代理销售或代理采购协议）未由代理机构签字盖章，主要违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同成立与生效的相关规定。具体分析如下：

1. 合同成立的要件：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同成立通常需要双方当事人意思表示一致，即一方发出要约，另一方作出承诺，且双方就合同的主要条款达成合意。在书面合同的情况下，签字或盖章是双方意思表示一致的重要外在表现。
   • 若代理系购协议未由代理机构签字盖章，则可能意味着代理机构未对该协议表示认可或接受，从而影响合同的成立。

2. 合同生效的条件：

   • 合同生效除了需要满足合同成立的要件外，还需要满足法律、行政法规规定的生效条件或者当事人约定的生效条件。
   • 签字或盖章不仅是合同成立的要件，也是许多合同生效的必要条件。若协议中明确约定了签字或盖章为生效条件，而代理机构未签字盖章，则该协议可能未生效。

3. 法律后果：

   • 合同未成立或未生效：若因代理机构未签字盖章导致合同未成立或未生效，则双方之间不存在有效的合同关系，无法依据该协议主张权利或履行义务。
   • 可能承担缔约过失责任：如果因一方（如委托方）的过错导致合同未成立或未生效，且给对方造成了损失，过错方可能需要承担缔约过失责任，赔偿对方因此遭受的损失。

4. 实务建议：

   • 确保协议签字盖章：在签订代理系购协议时，务必确保双方（包括代理机构）都在协议上签字或盖章，以确认双方的意思表示一致，并满足合同成立与生效的要件。
   • 明确约定生效条件：如果双方希望协议在特定条件满足时才生效，可以在协议中明确约定生效条件，并确保这些条件得到满足。
   • 及时沟通协商：如果发现协议未签字盖章或存在其他问题，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案，以避免不必要的法律纠纷。

总结来说，代理系购协议未由代理机构签字盖章，主要违反了《民法典》中关于合同成立与生效的相关规定，可能导致合同未成立或未生效，并可能引发缔约过失责任等法律后果。因此，在签订此类协议时，务必确保双方签字盖章，并明确约定生效条件，以维护双方的合法权益。如果您在签订或履行代理系购协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。