单位弄丢您女儿的研究生毕业证，单位是需要负责的。以下从几个方面为您详细分析：
一、法律责任角度
民事责任：毕业证是您女儿的重要个人物品，具有特定的身份和学历证明功能。单位因保管不善导致毕业证丢失，构成对个人财产权益的侵害，依法应承担民事赔偿责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。虽然毕业证的直接市场价值难以确定，但补办毕业证所需的费用（如工本费、交通费等）以及因毕业证丢失可能给您女儿带来的其他损失（如错过就业机会等间接损失，这部分虽难以直接量化，但在实际诉讼中可能会根据具体情况酌情考虑），单位都应予以赔偿。
行政责任：如果单位的行为违反了相关行政管理规定（如单位内部关于物品保管的规定），还可能面临行政主管部门的处罚，但这与您女儿的直接损失赔偿是两个不同的法律关系。
二、实际操作角度
补办毕业证：首先，建议您女儿尽快联系毕业院校，了解补办毕业证的具体流程和所需材料。通常，补办毕业证需要提供身份证明、学历证明（如学生证、成绩单等）、丢失声明等材料，并可能需要支付一定的工本费。
与单位协商：在补办毕业证的同时，建议您女儿与单位进行协商，明确单位应承担的责任和赔偿范围。可以要求单位承担补办毕业证的所有费用，并就因毕业证丢失可能带来的其他损失进行协商赔偿。
法律途径：如果协商无果，您女儿可以通过法律途径维护自己的合法权益。可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁（如果与单位之间存在劳动关系），或者直接向人民法院提起诉讼，要求单位承担民事赔偿责任。
三、预防与建议
加强物品保管：建议单位加强对员工个人物品的保管意识，建立完善的物品保管制度，避免类似事件再次发生。
及时沟通与处理：一旦发生物品丢失事件，单位应及时与员工沟通，积极协助员工处理后续事宜，尽量减少员工的损失和不便。
保留证据：在处理此类事件时，建议您女儿保留好所有相关证据（如丢失声明、补办毕业证的费用发票等），以便在需要时提供证明。
如果您女儿在处理此事过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。