结论：一般情况下，农业银行车贷卡逾期，不会直接从新办的农村商业银行工资卡里扣款，但存在一些特殊情况可能导致扣款。以下为你详细分析：
- 正常情况下的扣款规则
- 不同银行之间是相互独立的法人主体，各自有独立的账户管理系统和风险控制机制。农业银行和农村商业银行属于不同的金融机构，在没有合法依据和特定授权的情况下，农业银行不能直接从农村商业银行的账户中扣款。所以，仅因为农业银行车贷卡逾期，农村商业银行不会主动允许农业银行从其新办的工资卡里划扣资金。
- 可能存在扣款的特殊情况
- 签订了自动扣款协议且涵盖新卡：如果你在办理农业银行车贷卡时，与农业银行签订了自动扣款协议，并且该协议中明确约定可以从你名下其他银行的账户中扣款，同时你在办理农村商业银行工资卡时，又授权农业银行可以从该卡扣款（例如在相关授权文件上签字确认等），那么在这种情况下，农业银行就有可能从你的农村商业银行工资卡中扣款。
- 农业银行通过法律途径申请强制执行：如果农业银行车贷卡逾期时间较长，且经过农业银行多次催收后你仍未还款，农业银行可能会向法院提起诉讼。在法院判决你败诉后，如果你仍然不履行还款义务，农业银行可以向法院申请强制执行。此时，法院有权查询、冻结、划拨你名下的银行存款，包括你在农村商业银行的工资卡账户。不过，法院在采取强制执行措施前，会依法向你送达相关的法律文书，告知你相关的权利和义务。
建议：为了避免可能出现的扣款情况以及不良信用记录对你生活造成更大的影响，建议你尽快与农业银行取得联系，协商还款事宜，制定合理的还款计划，按时偿还车贷卡的欠款。如果你对相关的法律问题还有疑问，或者遇到了其他法律纠纷，都可以随时向我咨询。