结论：一般情况下，网上贷款逾期不会直接导致绑定在微信上的农业银行卡里的钱被扣除，但存在一些特殊情况需要注意。
分析说明：
正常情况下的资金安全：
- 网上贷款逾期，通常只会影响借款人的信用记录，并可能导致贷款机构采取一些催收措施，如电话催收、短信提醒、上报征信等。
- 贷款机构本身并没有权力直接扣除借款人其他银行账户（如农业银行）中的资金，除非这些账户与贷款机构有直接的关联（如设置了自动还款功能，且账户内有足够余额用于还款）。
特殊情况下的资金扣除：
- 法院强制执行：如果贷款机构通过法律途径起诉借款人，并获得了法院的判决，那么在借款人拒不履行还款义务的情况下，法院有权对借款人的财产进行强制执行，包括冻结、划拨其银行账户中的资金。但这种情况需要经过严格的法律程序，不是贷款机构单方面可以决定的。
- 第三方支付平台代扣：如果借款人在贷款时同意了贷款机构通过第三方支付平台（如微信支付）进行代扣还款，并且绑定了农业银行卡作为还款账户，那么在还款日到来时，贷款机构有可能通过第三方支付平台从该账户中扣除相应金额。但这种情况需要借款人的明确授权，并且通常会在贷款合同中明确约定。
微信支付与银行卡绑定的关系：
- 微信支付本身是一个独立的支付平台，它并不直接参与贷款业务。借款人将农业银行卡绑定到微信支付上，主要是为了方便进行支付和转账等操作。
- 除非借款人主动设置了自动还款功能，并且选择了该农业银行卡作为还款账户，否则微信支付不会主动从该账户中扣除资金用于还款。
行动建议：
- 检查贷款合同：仔细阅读贷款合同中的条款，特别是关于还款方式、自动还款设置以及违约责任等方面的内容，确保自己清楚了解并同意了所有条款。
- 关注账户变动：定期查看农业银行卡的交易记录，确保没有未经授权的扣款发生。如果发现异常交易，应立即联系银行客服进行查询和处理。
- 积极沟通协商：如果确实存在还款困难，建议主动与贷款机构沟通协商，寻求延期还款、分期还款等解决方案，以避免产生不必要的法律纠纷和信用损失。
法律后果提示：
- 如果借款人拒不履行还款义务，贷款机构有权通过法律途径追究其责任，包括但不限于起诉、申请强制执行等。
- 在法院强制执行过程中，借款人的财产（包括银行账户中的资金）可能会被冻结、划拨用于偿还债务。因此，建议借款人积极履行还款义务，避免产生不必要的法律后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。